recipe alfred

BAM alignment statistics, feature counting and feature annotation

Homepage:

https://github.com/tobiasrausch/alfred

License:

BSD / BSD-3-Clause

Recipe:

/alfred/meta.yaml

package alfred

Versions:

0.2.7-2,  0.2.7-1,  0.2.7-0,  0.2.6-2,  0.2.6-1,  0.2.6-0,  0.2.5-2,  0.2.5-1,  0.2.5-0, 

0.2.7-2,  0.2.7-1,  0.2.7-0,  0.2.6-2,  0.2.6-1,  0.2.6-0,  0.2.5-2,  0.2.5-1,  0.2.5-0,  0.2.3-1,  0.2.3-0,  0.2.1-2,  0.2.1-1,  0.2.1-0,  0.1.19-0,  0.1.18-0,  0.1.17-2,  0.1.17-1,  0.1.17-0,  0.1.16-1,  0.1.16-0,  0.1.15-0,  0.1.13-0,  0.1.12-1,  0.1.12-0,  0.1.9-0,  0.1.8-1,  0.1.8-0,  0.1.7-2,  0.1.7-1,  0.1.7-0,  0.1.6-2,  0.1.5-4,  0.1.5-3,  0.1.5-2,  0.1.5-1,  0.1.3-4,  0.1.3-3,  0.1.3-2,  0.1.3-1,  0.1.2-4,  0.1.2-3,  0.1.2-2,  0.1.2-1

Depends:

• boost-cpp >=1.78.0,<1.78.1.0a0

• bzip2 >=1.0.8,<2.0a0

• htslib >=1.17,<1.18.0a0

• libdeflate >=1.18,<1.19.0a0

• libgcc-ng >=12

• libstdcxx-ng >=12

• libzlib >=1.2.13,<1.3.0a0

• zlib

Required By:

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install alfred

and update with:

conda update alfred

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/alfred:<tag>

(see alfred/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/alfred/README.html)