recipe bedtools

A powerful toolset for genome arithmetic

Homepage:

http://bedtools.readthedocs.org/

License:

MIT

Recipe:

/bedtools/meta.yaml

Links:

biotools: bedtools, usegalaxy-eu: bedtools_intersectbed

package bedtools

Versions:

2.30.0-3,  2.30.0-2,  2.30.0-1,  2.30.0-0,  2.29.2-0,  2.29.1-1,  2.29.1-0,  2.29.0-3,  2.29.0-2, 

2.30.0-3,  2.30.0-2,  2.30.0-1,  2.30.0-0,  2.29.2-0,  2.29.1-1,  2.29.1-0,  2.29.0-3,  2.29.0-2,  2.29.0-1,  2.29.0-0,  2.28.0-0,  2.27.1-6,  2.27.1-5,  2.27.1-4,  2.27.1-3,  2.27.1-2,  2.27.1-1,  2.27.1-0,  2.27.0-4,  2.27.0-3,  2.27.0-2,  2.27.0-1,  2.27.0-0,  2.26.0-0,  2.26.0gx-4,  2.26.0gx-3,  2.26.0gx-2,  2.26.0gx-1,  2.26.0gx-0,  2.25.0-5,  2.25.0-4,  2.25.0-3,  2.25.0-2,  2.25.0-1,  2.25.0-0,  2.24.0-0,  2.23.0-6,  2.23.0-5,  2.23.0-4,  2.23.0-3,  2.23.0-2,  2.23.0-1,  2.23.0-0,  2.22-6,  2.22-5,  2.22-4,  2.22-3,  2.22-2,  2.22-1,  2.22-0,  2.20.1-2,  2.20.1-1,  2.20.1-0,  2.19.1-2,  2.19.1-1,  2.19.1-0,  2.17.0-0,  2.16.2-1,  2.16.2-0

Depends:

• bzip2 >=1.0.8,<2.0a0

• libgcc-ng >=10.3.0

• libstdcxx-ng >=10.3.0

• libzlib >=1.2.11,<1.3.0a0

• xz >=5.2.5,<5.3.0a0

• zlib >=1.2.11,<1.3.0a0

Required By:

• misopy

• barrnap

• chira

• galru

• quast

• purge_haplotigs

• stoatydive

• hydra-multi

• gs-tama

• genomics-data-index

• lohhla

• pb-assembly

• sv2

• ribotaper

• metagem

• sneep

• negative_training_sampler

• ccne

• bctools

• dirseq

• pomoxis

• cap-mirseq

• minute

• uvp

• peakhood

• haystack_bio

• megapath

• hamip

• rmats2sashimiplot

• rnaprot

• squire

• ultraheatmap

• cgat-scripts

• ssdrippipeline

• tecount

• rapid

• phyloflash

• r-bedtoolsr

• pybedtools

• clippy

• pyroe

• tepid

• metaseq-all

• pypints

• footprint

• cherri

• genomedata

• pathogen-profiler

• behst

• flair

• pydnase

• cytocad

• clearcnv

• icount

• repenrich

• variantbreak

• plasmidid

• pyseer

• clever-toolkit

• stare-abc

• mirmachine

• crispritz

• funannotate

• ngseqbasic

• ismapper

• valet

• batvi

• relocate2

• ipyrad

• somaticseq

• nanomonsv

• deepac

• mintie

• minvar

• circle-map-cpp

• brockman-pipeline

• cgat-apps

• smartmap

• seqsero2

• xyalign

• srnapipe

• harvest-variants

• diego

• ccsmeth

• mhg

• phastaf

• rkp

• daisysuite

• itero

• capcruncher

• pureclip

• telr

• rsat-core

• brass

• intervene

• snippy

• slncky

• ntjoin

• ddocent

• rgi

• panpasco

• grid

• stringmlst

• pseudo-it

• shortstack

• dvorfs

• semibin

• deepaccess

• mimseq

• targqc

• ericscript

• irescue

• epic

• merqury

• arcas-hla

• hiddendomains

• oncocnv

• clipcontext

• metilene

• quantpi

• transcriptm

• pygtftk

• libis

• roary

• riboplot

• ngs_te_mapper2

• cmsip

• bioconvert

• hubward-all

• yamda

• svanalyzer

• probeit

• autometa

• hitea

• perl-bio-viennangs

• smeg

• smcounter2

• sshmm

• nanovar

• icount-mini

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install bedtools

and update with:

conda update bedtools

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/bedtools:<tag>

(see bedtools/tags for valid values for <tag>)

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