recipe diamond

Accelerated BLAST compatible local sequence aligner

Homepage:

https://github.com/bbuchfink/diamond

License:

GPL / GPL-3.0

Recipe:

/diamond/meta.yaml

Links:

biotools: Diamond, doi: 10.1038/s41592-021-01101-x

package diamond

Versions:

2.1.7-0,  2.1.6-2,  2.1.6-1,  2.1.6-0,  2.1.4-1,  2.1.4-0,  2.1.3-0,  2.1.2-0,  2.0.15-1, 

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Depends:

• blast

• libgcc-ng >=12

• libstdcxx-ng >=12

• libzlib >=1.2.13,<1.3.0a0

• zlib >=1.2.13,<1.3.0a0

Required By:

• eukulele

• ffgc

• hybran

• milonga

• bakta

• funannotate

• args_oap

• panx

• rfplasmid

• trinotate

• braker3

• deeparg

• ggcaller

• humann

• seqscreen

• proteinortho

• metagem

• augustus

• gunc

• antismash

• phylophlan

• zol

• checkm2

• orthofinder

• srax

• das_tool

• phastaf

• enrichm

• eggnog-mapper

• rgi

• checkv

• cat

• pygmes

• autometa

• singlem

• hybpiper

• mdmcleaner

• super-focus

• wgd

• braker2

• genview

• mantis_pfa

• platon

• get_homologues

• iphop

• ezaai

• fegenie

• opfi

• upimapi

• graftm

• metawatt

• ampcombi

• phylofisher

• proovframe

• dbcan

• etoki

• pirate

• pylprotpredictor

• refinem

• cblaster

• comparem

• plannotate

• sonicparanoid

• antismash-lite

• contigtax

• anvio

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install diamond

and update with:

conda update diamond

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/diamond:<tag>

(see diamond/tags for valid values for <tag>)

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