recipe ipyrad

Interactive assembly and analysis of RAD-seq data sets.

Homepage:

http://github.com/dereneaton/ipyrad

License:

GPL-3.0-only

Recipe:

/ipyrad/meta.yaml

package ipyrad

Versions:

0.9.92-0,  0.9.90-0,  0.9.89-0,  0.9.88-0,  0.9.87-0,  0.9.86-0,  0.9.85-0,  0.9.84-1,  0.9.84-0, 

0.9.92-0,  0.9.90-0,  0.9.89-0,  0.9.88-0,  0.9.87-0,  0.9.86-0,  0.9.85-0,  0.9.84-1,  0.9.84-0,  0.9.82-0,  0.9.81-0,  0.9.80-0,  0.9.78-0,  0.9.77-0,  0.9.74-0,  0.9.71-0,  0.9.68-0,  0.9.67-0,  0.9.66-0,  0.9.65-0,  0.9.64-0,  0.9.63-0,  0.9.62-0,  0.9.61-0,  0.9.60-0,  0.9.59-0,  0.9.58-0,  0.9.57-0,  0.9.56-1,  0.9.56-0,  0.9.54-0,  0.9.53-0,  0.9.52-0,  0.9.51-0,  0.9.50-0,  0.9.49-0,  0.9.48-0,  0.9.47-0,  0.9.46-0,  0.9.45-0,  0.9.44-0,  0.9.43-0,  0.9.42-0,  0.9.41-0,  0.9.40-0,  0.9.33-0,  0.9.32-0,  0.9.31-0,  0.9.30-0,  0.9.29-0,  0.9.28-0,  0.9.26-0,  0.9.25-0,  0.9.24-0,  0.9.20-0,  0.9.19-1,  0.9.19-0,  0.9.18-0,  0.9.17-0,  0.9.16-0,  0.9.15-0,  0.9.14-0,  0.9.13-0,  0.9.12-0,  0.9.11-1,  0.9.11-0,  0.9.10-0,  0.9.8-0,  0.9.7-0

Depends:

• bedtools

• bwa

• cutadapt

• future

• h5py

• ipyparallel >=6.0.2

• mpi4py >=3.0

• muscle <5

• notebook

• numba >=0.37

• numpy

• pandas

• pysam >=0.15

• python

• requests

• samtools

• scipy

• toyplot

• vsearch >=2.13

Required By:

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install ipyrad

and update with:

conda update ipyrad

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/ipyrad:<tag>

(see ipyrad/tags for valid values for <tag>)

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