recipe nextflow

A DSL for data-driven computational pipelines http://nextflow.io

Homepage:

https://github.com/nextflow-io/nextflow

License:

Apache-2.0

Recipe:

/nextflow/meta.yaml

package nextflow

Versions:

23.04.1-3,  23.04.1-2,  23.04.1-1,  23.04.1-0,  22.10.6-0,  22.10.4-0,  22.10.1-0,  22.10.0-0,  22.04.5-0, 

23.04.1-3,  23.04.1-2,  23.04.1-1,  23.04.1-0,  22.10.6-0,  22.10.4-0,  22.10.1-0,  22.10.0-0,  22.04.5-0,  22.04.0-0,  21.10.6-0,  21.10.0-0,  21.04.0-0,  20.10.0-1,  20.10.0-0,  20.07.1-0,  20.04.1-1,  20.04.1-0,  20.01.0-0,  19.10.0-0,  19.07.0-0,  19.04.1-1,  19.04.0-0,  19.01.0-4,  19.01.0-3,  18.10.1-3,  18.10.1-2,  18.10.1-1,  0.32.0-1,  0.31.1-1,  0.31.1-0,  0.31.0-2,  0.30.2-2,  0.30.1-0,  0.30.0-0,  0.29.1-0,  0.29.0-0,  0.28.2-0,  0.28.1-0,  0.28.0-0,  0.27.6-0,  0.27.5-0,  0.27.4-0,  0.27.2-0,  0.27.1-0,  0.27.0-0,  0.25.1-0,  0.24.2-0,  0.24.1-0,  0.23.4-0,  0.21.3-0,  0.19.3-0

Depends:

• coreutils

• curl

• openjdk >=11,<=20

Required By:

• cladebreaker

• python-nextflow

• bohra

• bactopia-py

• zdb

• drax

• lmas

• flowcraft

• monsda

• seqscreen

• assemblerflow

• abeona

• illumina-cleanup

• bactopia

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install nextflow

and update with:

conda update nextflow

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/nextflow:<tag>

(see nextflow/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/nextflow/README.html)