recipe salmon

Highly-accurate & wicked fast transcript-level quantification from RNA-seq reads using selective alignment

Homepage:

https://github.com/COMBINE-lab/salmon

License:

GPLv3

Recipe:

/salmon/meta.yaml

Links:

biotools: salmon, usegalaxy-eu: salmon, usegalaxy-eu: alevin, doi: 10.1038/nmeth.4197

package salmon

Versions:

1.10.1-2,  1.10.1-1,  1.10.1-0,  1.10.0-0,  1.9.0-1,  1.9.0-0,  1.8.0-1,  1.8.0-0,  1.7.0-1, 

1.10.1-2,  1.10.1-1,  1.10.1-0,  1.10.0-0,  1.9.0-1,  1.9.0-0,  1.8.0-1,  1.8.0-0,  1.7.0-1,  1.7.0-0,  1.6.0-0,  1.5.2-0,  1.5.1-0,  1.5.0-0,  1.4.0-1,  1.4.0-0,  1.3.0-0,  1.2.1-0,  1.2.0-0,  1.1.0-0,  1.0.0-0,  0.15.0-0,  0.14.2-1,  0.14.2-0,  0.14.1-2,  0.14.1-1,  0.14.1-0,  0.14.0-1,  0.14.0-0,  0.13.1-0,  0.13.0-2,  0.13.0-1,  0.12.0-1,  0.11.3-2,  0.11.3-1,  0.11.2-0,  0.11.1-0,  0.11.0-0,  0.10.2-3,  0.10.2-1,  0.10.1-1,  0.10.0-1,  0.9.1-1,  0.9.1-0,  0.9.0-0,  0.8.2-1,  0.8.2-0,  0.8.1-0,  0.8.0-0,  0.7.2-3,  0.7.2-2,  0.6.0-2,  0.6.0-1,  0.6.0-0,  0.5.1-0

Depends:

• boost-cpp >=1.78.0,<1.78.1.0a0

• bzip2 >=1.0.8,<2.0a0

• icu >=70.1,<71.0a0

• libgcc-ng >=12

• libjemalloc >=5.3.0

• libstdcxx-ng >=12

• libzlib >=1.2.13,<1.3.0a0

• tbb >=2021.4.0

• tbb >=2021.9.0

Required By:

• mintie

• simpleaf

• metawrap-mg

• labrat

• transrate

• trinity

• asgal

• funannotate

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install salmon

and update with:

conda update salmon

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/salmon:<tag>

(see salmon/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/salmon/README.html)