recipe tb-profiler

Profiling tool for Mycobacterium tuberculosis to detect drug resistance and lineage from WGS data

Homepage

https://github.com/jodyphelan/TBProfiler

License

GPL3

Recipe

/tb-profiler/meta.yaml

Links

doi: 10.1186/s13073-019-0650-x

package tb-profiler

Versions

4.2.0-0,  4.1.1-1,  4.1.1-0,  4.1.0-0,  4.0.3-0,  4.0.2-1,  4.0.2-0,  4.0.1-0,  4.0.0-0, 

4.2.0-0,  4.1.1-1,  4.1.1-0,  4.1.0-0,  4.0.3-0,  4.0.2-1,  4.0.2-0,  4.0.1-0,  4.0.0-0,  3.0.8-0,  3.0.7-0,  3.0.6-0,  3.0.5-0,  3.0.4-0,  3.0.3-0,  3.0.2-0,  3.0.1-0,  3.0.0-0,  2.8.14-0,  2.8.13-0,  2.8.12-2,  2.8.12-1,  2.8.12-0,  2.8.11-0,  2.8.10-0,  2.8.9-0,  2.8.8-0,  2.8.6-0,  2.8.5-0,  2.8.4-0,  2.8.3-0,  2.8.2-0,  2.8.1-0,  2.8.0-1,  2.8.0-0,  2.7.4-0,  2.7.3-0,  2.7.2-0,  2.7.1-0,  2.7-0,  2.6.1-2,  2.6.1-1,  2.6.1-0,  2.6-0,  2.5-1,  2.5-0,  2.4-0,  2.3-0,  2.2-1,  2.2-0,  2.1-2,  2.1-1,  2.1-0,  2.0-0

Depends

• git

• jinja2

• kmc

• pathogen-profiler 2.0.0.*

• python

• python >=3.6

• weasyprint

Required By

Installation

With an activated Bioconda channel (see 2. Set up channels), install with:

conda install tb-profiler

and update with:

conda update tb-profiler

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/tb-profiler:<tag>

(see tb-profiler/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/tb-profiler/README.html)