recipe thapbi-pict

THAPBI Phytophthora ITS1 Classifier Tool (PICT).

Homepage:

https://github.com/peterjc/thapbi-pict

Documentation:

https://thapbi-pict.readthedocs.io/en/latest/

License:

MIT / MIT

Recipe:

/thapbi-pict/meta.yaml

THAPBI Phytophthora ITS1 Classifier Tool (PICT) an ITS1-based diagnostic/profiling tool from the UK BBSRC funded Tree Health and Plant Biosecurity Initiative (THAPBI) Phyto-Threats project, focused on identifying Phytophthora species present in Illumina sequenced environmental samples.

package thapbi-pict

Versions:

1.0.0-0,  0.14.1-0,  0.14.0-0,  0.13.6-0,  0.13.5-0,  0.13.4-0,  0.13.3-0,  0.13.2-0,  0.13.1-0, 

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Depends:

• biom-format >=2.1.14

• biopython >=1.73

• blast

• cutadapt >=4.0

• flash >=1.2.11

• graphviz

• matplotlib-base

• networkx >=2.4,!=2.8.3,!=2.8.4

• pydot

• python >=3.6

• rapidfuzz >=2.4.0

• sqlalchemy

• vsearch

• xlsxwriter

Required By:

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install thapbi-pict

and update with:

conda update thapbi-pict

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/thapbi-pict:<tag>

(see thapbi-pict/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/thapbi-pict/README.html)