recipe viennarna

Vienna RNA package -- RNA secondary structure prediction and comparison

Homepage:

http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/

License:

custom

Recipe:

/viennarna/meta.yaml

package viennarna

Versions:

2.5.1-0,  2.5.0-2,  2.5.0-1,  2.5.0-0,  2.4.18-0,  2.4.17-1,  2.4.17-0,  2.4.15-0,  2.4.14-3, 

2.5.1-0,  2.5.0-2,  2.5.0-1,  2.5.0-0,  2.4.18-0,  2.4.17-1,  2.4.17-0,  2.4.15-0,  2.4.14-3,  2.4.14-2,  2.4.14-1,  2.4.14-0,  2.4.13-2,  2.4.11-2,  2.4.11-1,  2.4.11-0,  2.4.9-0,  2.4.8-2,  2.4.8-1,  2.4.8-0,  2.4.7-5,  2.4.7-4,  2.4.7-3,  2.4.7-2,  2.4.6-1,  2.4.6-0,  2.4.5-3,  2.4.5-2,  2.4.5-1,  2.4.5-0,  2.4.4-3,  2.4.4-1,  2.4.4-0,  2.4.3-2,  2.4.3-0,  2.4.2-3,  2.4.2-1,  2.4.1-3,  2.4.1-1,  2.4.1-0,  2.3.5-2,  2.3.5-0,  2.3.3-2,  2.3.3-0,  2.3.2-2,  2.3.2-0,  2.3.1-3,  2.3.1-1,  2.3.1-0,  2.3.0-3,  2.3.0-1,  2.2.10-3,  2.2.10-1,  2.2.10-0,  2.2.9-0,  2.2.8-0,  2.2.7-0,  2.2.5-3,  2.2.5-2,  2.2.5-0,  2.1.9-1,  2.1.9-0,  2.1.8-0,  2.1.5-0,  1.8.5-1,  1.8.5-0

Depends:

• libgcc-ng >=12

• libstdcxx-ng >=12

• libzlib >=1.2.12,<1.3.0a0

• perl >=5.32.1,<5.33.0a0 *_perl5

• python >=2.7,<2.8.0a0

• python_abi 2.7.* *_cp27mu

Required By:

• shortstack

• mirdeep-p2

• snostrip

• rnalien

• strucvis

• pipmir

• srnaminer

• mirdeep2

• antarna

• pourrna

• rnasketch

• mir-prefer

• tbox-scan

• seqcluster

• mirnature

• rnaredprint

• inforna

• perl-bio-rna-rnaalisplit

• rnaclust

• rnaprot

• peglit

• barriers

• locarna

• mirfix

• t-coffee

• ostir

• centroid_rna_package

• exparna

• ribolands

• mirge3

• drtransformer

• kinsimriboswitch

• mitos

• intarna

• svhip

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install viennarna

and update with:

conda update viennarna

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/viennarna:<tag>

(see viennarna/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/viennarna/README.html)