recipe augur

Process pathogen genome data for the Nextstrain platform

Homepage:

https://github.com/nextstrain/augur

License:

AGPL / AGPL-3.0-only

Recipe:

/augur/meta.yaml

package augur

Versions:

21.1.0-0,  21.0.1-1,  21.0.1-0,  21.0.0-1,  21.0.0-0,  20.0.0-0,  19.3.0-0,  19.2.0-0,  19.1.0-0, 

21.1.0-0,  21.0.1-1,  21.0.1-0,  21.0.0-1,  21.0.0-0,  20.0.0-0,  19.3.0-0,  19.2.0-0,  19.1.0-0,  19.0.0-0,  18.2.0-0,  18.1.2-0,  18.1.1-0,  18.1.0-0,  18.0.0-0,  17.1.0-1,  17.1.0-0,  17.0.0-1,  17.0.0-0,  16.0.3-0,  16.0.2-0,  16.0.1-0,  15.0.2-0,  15.0.1-0,  15.0.0-0,  14.1.0-0,  14.0.0-0,  13.1.2-0,  13.1.1-0,  13.1.0-0,  13.0.4-0,  13.0.3-0,  13.0.2-0,  13.0.1-1,  13.0.1-0,  13.0.0-0,  12.1.1-0,  12.0.0-0,  11.3.0-0,  11.2.0-1,  11.2.0-0,  11.1.2-1,  11.1.2-0,  11.1.0-0,  11.0.0-0,  10.3.0-0,  10.2.0-0,  10.1.1-0,  10.1.0-0,  10.0.4-0,  10.0.3-0,  10.0.2-0,  10.0.0-1,  10.0.0-0,  9.0.0-1,  9.0.0-0,  8.0.0-0,  7.0.2-0,  6.4.3-0,  6.4.2-0,  6.4.1-0,  6.4.0-0,  6.3.0-0,  6.2.0-0,  6.1.1-0,  6.1.0-0,  6.0.0-0,  5.4.1-0,  5.4.0-0,  5.3.0-0,  5.2.1-0,  5.2.0-0,  5.1.1-0,  5.1.0-0,  4.0.0-0,  3.1.5-1,  3.1.5-0

Depends:

• bcbio-gff >=0.6.0,<0.7

• biopython >=1.73,!=1.77,!=1.78,<=1.80

• cvxopt >=1.1.9,<2

• fasttree

• iqtree

• isodate >=0.6.0,<0.7

• jsonschema >=3.0.0,<4

• mafft

• networkx >=2.5,<3

• numpy >=1.0.0,<2

• packaging >=19.2

• pandas >=1.0.0,<2

• pyfastx >=0.8.4,<0.9

• python >=3.7

• raxml

• scipy >=1.0.0,<2

• treetime >=0.9.3,<0.10

• vcftools

• xopen >=1.7.0,<2

Required By:

• nextstrain

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install augur

and update with:

conda update augur

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/augur:<tag>

(see augur/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/augur/README.html)