recipe bactopia

Bactopia is a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.

Homepage:

https://bactopia.github.io/

Developer docs:

https://github.com/bactopia/bactopia/

License:

MIT

Recipe:

/bactopia/meta.yaml

Links:

biotools: bactopia, doi: 10.1128/mSystems.00190-20

package bactopia

Versions:

2.2.0-0,  2.1.1-0,  2.1.0-0,  2.0.3-0,  2.0.2-0,  2.0.1-0,  2.0.0-1,  2.0.0-0,  1.7.1-0, 

2.2.0-0,  2.1.1-0,  2.1.0-0,  2.0.3-0,  2.0.2-0,  2.0.1-0,  2.0.0-1,  2.0.0-0,  1.7.1-0,  1.7.0-0,  1.6.5-1,  1.6.5-0,  1.6.4-0,  1.6.3-0,  1.6.2-2,  1.6.2-1,  1.6.2-0,  1.6.1-0,  1.6.0-1,  1.6.0-0,  1.5.6-0,  1.5.5-0,  1.5.4-1,  1.5.4-0,  1.5.3-0,  1.5.2-0,  1.5.1-0,  1.5.0-0,  1.4.11-1,  1.4.11-0,  1.4.10-0,  1.4.9-0,  1.4.8-0,  1.4.7-0,  1.4.6-0,  1.4.5-0,  1.4.4-0,  1.4.3-0,  1.4.2-0,  1.4.1-0,  1.4.0-0,  1.3.1-0,  1.3.0-0,  1.2.4-0,  1.2.2-0,  1.2.1-0,  1.2.0-0,  1.1.0-1,  1.1.0-0,  1.0.1-0

Depends:

• biopython

• blast >=2.11.0

• cd-hit

• conda

• coreutils

• executor

• gsl <=2.6

• mamba

• mash

• ncbi-amrfinderplus 3.10.45.*

• ncbi-genome-download

• nextflow >=22.10.0

• python >3.6,<3.10

• requests

• sed

• tbb 2020.2.*

• unzip

• wget

Required By:

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install bactopia

and update with:

conda update bactopia

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/bactopia:<tag>

(see bactopia/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/bactopia/README.html)