recipe bcbio-nextgen-vm

Run bcbio-nextgen genomic sequencing analyses using isolated containers and virtual machines

Homepage:

https://github.com/chapmanb/bcbio-nextgen-vm

License:

MIT

Recipe:

/bcbio-nextgen-vm/meta.yaml

package bcbio-nextgen-vm

versions:

0.1.6-3,  0.1.6-2,  0.1.6-1,  0.1.6-0,  0.1.5-0,  0.1.3-1,  0.1.2a-1,  0.1.1-1,  0.1.1-0, 

0.1.6-3,  0.1.6-2,  0.1.6-1,  0.1.6-0,  0.1.5-0,  0.1.3-1,  0.1.2a-1,  0.1.1-1,  0.1.1-0,  0.1.0a-136,  0.1.0a-135,  0.1.0a-134,  0.1.0a-133,  0.1.0a-132,  0.1.0a-131,  0.1.0a-130,  0.1.0a-129,  0.1.0a-128,  0.1.0a-127,  0.1.0a-126,  0.1.0a-125,  0.1.0a-124,  0.1.0a-123,  0.1.0a-122,  0.1.0a-121,  0.1.0a-120,  0.1.0a-119,  0.1.0a-118,  0.1.0a-117,  0.1.0a-116,  0.1.0a-115,  0.1.0a-114,  0.1.0a-113,  0.1.0a-112,  0.1.0a-111,  0.1.0a-110,  0.1.0a-109,  0.1.0a-108,  0.1.0a-107,  0.1.0a-106,  0.1.0a-105,  0.1.0a-104,  0.1.0a-103,  0.1.0a-102,  0.1.0a-101,  0.1.0a-100,  0.1.0a-99,  0.1.0a-98,  0.1.0a-97,  0.1.0a-96,  0.1.0a-95,  0.1.0a-94,  0.1.0a-93,  0.1.0a-92,  0.1.0a-91,  0.1.0a-90,  0.1.0a-89,  0.1.0a-88,  0.1.0a-87,  0.1.0a-86,  0.1.0a-85,  0.1.0a-84,  0.1.0a-83,  0.1.0a-82,  0.1.0a-81,  0.1.0a-80,  0.1.0a-79,  0.1.0a-78,  0.1.0a-77,  0.1.0a-76,  0.1.0a-75,  0.1.0a-74,  0.1.0a-73,  0.1.0a-72,  0.1.0a-71,  0.1.0a-70,  0.1.0a-69

depends arvados-cwl-runner:

>=1.3.1.20190301150258

depends bcbio-nextgen:

>1.1.4

depends boto3:

depends cachecontrol:

0.11.7

depends cromwell:

>=0.36

depends cwltool:

depends dx-cwl:

>=0.1.0a20180820

depends dxpy:

depends google-cloud-sdk:

depends ipyparallel:

>=6.0.2

depends nodejs:

depends nose:

depends pathlib2:

2.3.2

depends pysam:

>=0.15.2

depends python:

depends python-dateutil:

>=2.5.0

depends rabix-bunny:

>=1.0.4

depends ruamel.yaml:

>=0.13.0

depends sevenbridges-python:

>=0.17.5

depends six:

depends synapseclient:

requirements:

Installation

You need a conda-compatible package manager (currently either micromamba, mamba, or conda) and the Bioconda channel already activated (see set-up-channels).

While any of above package managers is fine, it is currently recommended to use either micromamba or mamba (see here for installation instructions). We will show all commands using mamba below, but the arguments are the same for the two others.

Given that you already have a conda environment in which you want to have this package, install with:

   mamba install bcbio-nextgen-vm

and update with::

   mamba update bcbio-nextgen-vm

To create a new environment, run:

mamba create --name myenvname bcbio-nextgen-vm

with myenvname being a reasonable name for the environment (see e.g. the mamba docs for details and further options).

Alternatively, use the docker container:

   docker pull quay.io/biocontainers/bcbio-nextgen-vm:<tag>

(see `bcbio-nextgen-vm/tags`_ for valid values for ``<tag>``)

Download stats

Link to this page

Render an badge with the following MarkDown:

[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/bcbio-nextgen-vm/README.html)