recipe blast

BLAST+ is a new suite of BLAST tools that utilizes the NCBI C++ Toolkit.

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http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs

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Public Domain

Recipe

/blast/meta.yaml

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biotools: blast, doi: 10.1016/S0022-2836(05)80360-2, usegalaxy-eu: ncbi_blastx_wrapper

package blast

Versions

2.12.0-0,  2.11.0-1,  2.11.0-0,  2.10.1-3,  2.10.1-2,  2.10.1-1,  2.10.1-0,  2.9.0-7,  2.9.0-6, 

2.12.0-0,  2.11.0-1,  2.11.0-0,  2.10.1-3,  2.10.1-2,  2.10.1-1,  2.10.1-0,  2.9.0-7,  2.9.0-6,  2.9.0-5,  2.9.0-4,  2.9.0-3,  2.9.0-2,  2.9.0-1,  2.9.0-0,  2.7.1-6,  2.7.1-5,  2.7.1-3,  2.7.1-2,  2.7.1-1,  2.6.0-2,  2.6.0-1,  2.6.0-0,  2.5.0-3,  2.5.0-2,  2.5.0-1,  2.2.31-5,  2.2.31-4,  2.2.31-3,  2.2.31-2,  2.2.31-1,  2.2.21-0

Depends

• bzip2 >=1.0.8,<2.0a0

• curl >=7.77.0,<8.0a0

• entrez-direct

• libgcc-ng >=9.3.0

• libstdcxx-ng >=9.3.0

• pcre >=8.45,<9.0a0

• perl >=5.26.2,<5.26.3.0a0

• perl-archive-tar

• perl-json

• perl-list-moreutils

• zlib >=1.2.11,<1.3.0a0

Required By

• metawatt

• sonicparanoid

• genometreetk

• rop

• pyani

• bmtagger

• mitos

• ssuissero

• gnuvid

• transrate

• berokka

• vcfkit

• isescan

• gcluster

• dfast_qc

• tesorter

• haphpipe

• virmet

• shigeifinder

• trinotate

• liv_utils

• mlst

• refinem

• presto

• bttcmp

• saspector

• metachip

• tetyper

• emmtyper

• searchgui

• orthomcl

• rgi

• anvio

• seqsero2

• riboseed

• spotyping

• staphopia-sccmec

• fcp

• mimseq

• mob_suite

• lotus2

• magcluster

• hafez

• neptune

• rnalien

• clsify

• datma

• shiver

• metaclock

• interproscan

• metawrap

• rkp

• dfast

• ectyper

• sprai

• hpsuissero

• plasmidfinder

• primedrpa

• whatsgnu

• chewbbaca

• ctat-metagenomics

• r-rblast

• mirnature

• zga

• stecfinder

• perl-bio-automatedannotation

• fgmp

• funannotate

• kraken2

• gemoma

• fgap

• t-coffee

• psytrans

• fusion-filter

• agrvate

• kleborate

• lissero

• metabinkit

• thapbi-pict

• srax

• seqscreen

• hs-blastn

• platon

• miru-hero

• tritimap

• smeg

• springsuite

• ncbi-amrfinderplus

• rucs

• abricate

• sistr_cmd

• cryptogenotyper

• mcl

• oligotyping

• find_differential_primers

• gmcloser

• kmasker

• cpgeneprofiler

• haplotype-lso

• mtglink

• serotypefinder

• staramr

• bttoxin_scanner

• minvar

• magicblast

• codan

• coast

• unicycler

• eukulele

• crb-blast

• hicap

• metaxa

• socru

• getorganelle

• recognizer

• rsat-core

• opfi

• straglr

• amap

• fegenie

• kaptive

• busco

• quast

• semeta

• super-focus

• reparation_blast

• wade

• braker2

• prokka

• asqcan

• plasmidid

• batvi

• pirate

• maker

• mitofinder

• antismash

• genblasta

• scapp

• plant_tribes_gene_family_classifier

• plant_tribes_kaks_analysis

• star-fusion

• metaphlan

• galru

• perl-bio-mlst-check

• targetdb

• spotyping3

• crypto_typer

• kobas

• rnaquast

• mosca

• batch_brb

• abritamr

• bakta

• taranis

• genblastg

• das_tool

• checkv

• knock-knock

• vadr

• edta

• genenotebook

• gs-tama

• meningotype

• roary

• grid

• cmfinder

• phylophlan

• bttoxin_digger

• chromatiblock

• bactopia

• ismapper

• nanovar

• orthofinder

• secapr

• fastmlst

• constax

• magpurify

Installation

With an activated Bioconda channel (see 2. Set up channels), install with:

conda install blast

and update with:

conda update blast

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/blast:<tag>

(see blast/tags for valid values for <tag>)

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