recipe blast

BLAST+ is a new suite of BLAST tools that utilizes the NCBI C++ Toolkit.

Homepage:

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs

License:

Public Domain

Recipe:

/blast/meta.yaml

Links:

biotools: blast, doi: 10.1016/S0022-2836(05)80360-2, usegalaxy-eu: ncbi_blastx_wrapper

package blast

Versions:

2.13.0-0,  2.12.0-4,  2.12.0-3,  2.12.0-2,  2.12.0-1,  2.12.0-0,  2.11.0-1,  2.11.0-0,  2.10.1-3, 

2.13.0-0,  2.12.0-4,  2.12.0-3,  2.12.0-2,  2.12.0-1,  2.12.0-0,  2.11.0-1,  2.11.0-0,  2.10.1-3,  2.10.1-2,  2.10.1-1,  2.10.1-0,  2.9.0-7,  2.9.0-6,  2.9.0-5,  2.9.0-4,  2.9.0-3,  2.9.0-2,  2.9.0-1,  2.9.0-0,  2.7.1-6,  2.7.1-5,  2.7.1-3,  2.7.1-2,  2.7.1-1,  2.6.0-2,  2.6.0-1,  2.6.0-0,  2.5.0-3,  2.5.0-2,  2.5.0-1,  2.2.31-5,  2.2.31-4,  2.2.31-3,  2.2.31-2,  2.2.31-1,  2.2.21-0

Depends:

• bzip2 >=1.0.8,<2.0a0

• curl >=7.83.1,<8.0a0

• entrez-direct

• libgcc-ng >=12

• libstdcxx-ng >=12

• libzlib >=1.2.12,<1.3.0a0

• pcre >=8.45,<9.0a0

• perl

• perl-archive-tar

• perl-json

• perl-list-moreutils

• zlib >=1.2.12,<1.3.0a0

Required By:

• tritimap

• metabinkit

• bakta

• cmfinder

• abricate

• hpsuissero

• emmtyper

• neofox

• berokka

• magphi

• chewbbaca

• plasmidfinder

• pmga

• primedrpa

• pasty

• shiver

• mtglink

• plant_tribes_gene_family_classifier

• spotyping3

• vadr

• smeg

• trinotate

• plasmidid

• isescan

• rgi

• cpgeneprofiler

• pbptyper

• galru

• recognizer

• mydbfinder

• sprai

• nanovar

• genblastg

• fastmlst

• get_homologues

• funannotate

• das_tool

• quast

• genview

• srax

• neptune

• genenotebook

• gcluster

• metawrap-mg

• edta

• fgap

• staphopia-sccmec

• bttcmp

• fcp

• springsuite

• magicblast

• hicap

• mcroni

• lissero

• platon

• genometreetk

• crypto_typer

• codan

• rnalien

• cctk

• gmcloser

• mirnature

• efishent

• mlst-cge

• spotyping

• plant_tribes_kaks_analysis

• metaxa

• serotypefinder

• mummer2circos

• rop

• hs-blastn

• mimseq

• anvio

• asqcan

• taranis

• miru-hero

• hafez

• mitos

• kaptive

• scapp

• riboseed

• phylofisher

• straglr

• ismapper

• virmet

• maker

• staramr

• mlst

• rnaquast

• targetdb

• iphop

• gemoma

• coast

• reparation_blast

• dnaweaver

• ssuissero

• secapr

• ncbi-amrfinderplus

• kraken2

• virulencefinder

• perl-bio-automatedannotation

• haphpipe

• rkp

• kleborate

• perl-bio-mlst-check

• metachip

• mitoz

• magpurify

• qhery

• searchgui

• psytrans

• getorganelle

• socru

• wade

• ectyper

• roary

• refinem

• sistr_cmd

• pirate

• grid

• super-focus

• metaclock

• pyani

• t-coffee

• find_differential_primers

• btyper3

• kobas

• mosca

• kmasker

• mcl

• seqscreen

• ccne

• stecfinder

• batch_brb

• orthomcl

• phylophlan

• lotus2

• mhg

• batvi

• minvar

• plannotate

• busco

• sonicparanoid

• ctat-metagenomics

• braker2

• genblasta

• transrate

• chromatiblock

• whatsgnu

• meningotype

• star-fusion

• bmtagger

• tetyper

• gs-tama

• interproscan

• mdmcleaner

• haplotype-lso

• metaphlan

• metawatt

• blastmining

• icescreen

• opfi

• amap

• gnuvid

• resfinder

• unicycler

• antismash

• eukulele

• rsat-core

• seqsero2

• presto

• datma

• olivar

• antismash-lite

• mob_suite

• orthofinder

• prokka

• bttoxin_digger

• fusion-filter

• dfast

• knock-knock

• pmlst

• oligotyping

• semeta

• shigeifinder

• bttoxin_scanner

• fegenie

• r-rblast

• clsify

• fgmp

• crb-blast

• markermag

• provean

• cryptogenotyper

• liv_utils

• thapbi-pict

• vcfkit

• abritamr

• bactopia

• dfast_qc

• agrvate

• mitofinder

• zga

• etoki

• magcluster

• saspector

• tesorter

• constax

• rucs

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install blast

and update with:

conda update blast

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/blast:<tag>

(see blast/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/blast/README.html)