recipe blast

BLAST+ is a new suite of BLAST tools that utilizes the NCBI C++ Toolkit.

Homepage:

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs

License:

Public Domain

Recipe:

/blast/meta.yaml

Links:

biotools: blast, doi: 10.1016/S0022-2836(05)80360-2, usegalaxy-eu: ncbi_blastx_wrapper

package blast

Versions:

2.14.0-1,  2.14.0-0,  2.13.0-1,  2.13.0-0,  2.12.0-4,  2.12.0-3,  2.12.0-2,  2.12.0-1,  2.12.0-0, 

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Depends:

• bzip2 >=1.0.8,<2.0a0

• curl

• entrez-direct

• libgcc-ng >=12

• libstdcxx-ng >=12

• libzlib >=1.2.13,<1.3.0a0

• pcre >=8.45,<9.0a0

• perl

• perl-archive-tar

• perl-json

• perl-list-moreutils

• zlib

Required By:

• mob_suite

• eukulele

• magcluster

• vcfkit

• haphpipe

• metaxa

• anospp-analysis

• antismash

• semeta

• phylophlan

• mirfix

• batvi

• mlst

• bttcmp

• asqcan

• coast

• isescan

• rsat-core

• btyper3

• rnaquast

• das_tool

• primedrpa

• kaptive

• pantools

• plant_tribes_kaks_analysis

• genoboo

• viralflye

• markermag

• fgmp

• quast

• mdmcleaner

• interproscan

• efishent

• mitos

• virmet

• constax

• bactopia

• get_homologues

• find_differential_primers

• hs-blastn

• chewbbaca

• rop

• metabinkit

• datma

• mcl

• diamond

• ffgc

• bakta

• shigeifinder

• args_oap

• mhg

• crb-blast

• knock-knock

• braker3

• spotyping

• prokka

• star-fusion

• thapbi-pict

• gnuvid

• ctat-metagenomics

• neofox

• hicap

• r-rblast

• blastmining

• abritamr

• kraken2

• recognizer

• whatsgnu

• nanovar

• tetyper

• bttoxin_digger

• genblasta

• targetdb

• dfast_qc

• rgi

• wade

• roary

• codan

• srnaminer

• vadr

• agrvate

• gs-tama

• metaclock

• genometreetk

• miru-hero

• sistr_cmd

• genview

• genblastg

• kobas

• platon

• cryptogenotyper

• opfi

• samestr

• liv_utils

• bttoxin_scanner

• metawatt

• fusion-filter

• resfinder

• seqsero2

• pirate

• edta

• plannotate

• genenotebook

• chromatiblock

• antismash-lite

• mirnature

• fgap

• tritimap

• mydbfinder

• funannotate

• trinotate

• bmtagger

• busco

• secapr

• dnaweaver

• eklipse

• rkp

• galru

• unicycler

• espresso

• berokka

• searchgui

• spotyping3

• haplotype-lso

• riboseed

• orthofinder

• crypto_typer

• mcroni

• pavfinder

• rucs

• emmtyper

• abricate

• plant_tribes_gene_family_classifier

• ccne

• gemoma

• pbptyper

• rnalien

• sprai

• getorganelle

• perl-bio-automatedannotation

• virulencefinder

• cctk

• hpsuissero

• ncbi-amrfinderplus

• saspector

• ectyper

• tesorter

• hybpiper

• qhery

• super-focus

• grid

• mummer2circos

• zga

• kleborate

• neptune

• clsify

• staramr

• fegenie

• plasmidid

• etoki

• pyani

• reparation_blast

• straglr

• transrate

• socru

• springsuite

• taranis

• stecfinder

• mitoz

• metachip

• anvio

• fcp

• hybran

• milonga

• mitofinder

• perl-bio-mlst-check

• presto

• staphopia-sccmec

• ismapper

• lissero

• maker

• meningotype

• seqscreen

• fastmlst

• gcluster

• olivar

• orthomcl

• scapp

• minvar

• t-coffee

• mimseq

• dfast

• cpgeneprofiler

• provean

• srax

• cmfinder

• genoflu

• psytrans

• serotypefinder

• hapsolo

• mlst-cge

• beav

• metaphlan

• magphi

• dnaapler

• batch_brb

• lotus2

• gmcloser

• braker2

• amap

• icescreen

• magpurify

• pmlst

• pmga

• ezaai

• hafez

• oligotyping

• shiver

• kmasker

• metawrap-mg

• plasmidfinder

• phylofisher

• refinem

• smeg

• ssuissero

• purge_dups

• sonicparanoid

• pasty

• iphop

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install blast

and update with:

conda update blast

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/blast:<tag>

(see blast/tags for valid values for <tag>)

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