recipe blast

BLAST+ is a new suite of BLAST tools that utilizes the NCBI C++ Toolkit.

Homepage

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs

License

Public Domain

Recipe

/blast/meta.yaml

Links

biotools: blast, doi: 10.1016/S0022-2836(05)80360-2

package blast

Versions

2.9.0-6,  2.9.0-5,  2.9.0-4,  2.9.0-3,  2.9.0-2,  2.9.0-1,  2.9.0-0,  2.7.1-6,  2.7.1-5, 

2.9.0-6,  2.9.0-5,  2.9.0-4,  2.9.0-3,  2.9.0-2,  2.9.0-1,  2.9.0-0,  2.7.1-6,  2.7.1-5,  2.7.1-3,  2.7.1-2,  2.7.1-1,  2.6.0-2,  2.6.0-1,  2.6.0-0,  2.5.0-3,  2.5.0-2,  2.5.0-1,  2.2.31-4,  2.2.31-3,  2.2.31-2,  2.2.31-1,  2.2.21-0

Depends

• bzip2 >=1.0.8,<2.0a0

• curl >=7.71.1,<8.0a0

• entrez-direct

• libgcc-ng >=7.5.0

• libstdcxx-ng >=7.5.0

• pcre >=8.44,<9.0a0

• perl >=5.26.2,<5.26.3.0a0

• perl-archive-tar

• perl-json

• perl-list-moreutils

• zlib >=1.2.11,<1.3.0a0

Required By

• checkv

• reparation_blast

• fgap

• unicycler

• rnalien

• ismapper

• ncbi-amrfinderplus

• datma

• genenotebook

• semeta

• knock-knock

• mlst

• bttcmp

• pyani

• star-fusion

• metaphlan

• kmasker

• kaptive

• plant_tribes_kaks_analysis

• riboseed

• bttoxin_scanner

• rucs

• orthofinder

• mitos

• primedrpa

• magicblast

• wade

• hicap

• anvio

• rsat-core

• sprai

• srax

• transrate

• chromatiblock

• targetdb

• ectyper

• magpurify

• amap

• phylophlan

• rgi

• kleborate

• crb-blast

• mimseq

• mob_suite

• roary

• cmfinder

• metawrap

• virmet

• getorganelle

• hs-blastn

• berokka

• neptune

• perl-bio-automatedannotation

• busco

• mcl

• whatsgnu

• orthomcl

• genblasta

• socru

• trinotate

• metaxa

• frogs

• presto

• prokka

• fusion-filter

• galru

• fgmp

• grid

• staramr

• fcp

• quast

• rop

• das_tool

• oligotyping

• thapbi-pict

• edta

• smeg

• pirate

• shiver

• refinem

• platon

• bmtagger

• clsify

• plasmidfinder

• bttoxin_digger

• perl-bio-mlst-check

• metaphlan2

• rkp

• find_differential_primers

• metabinkit

• kraken2

• nanovar

• abricate

• isescan

• seqsero2

• ssuissero

• sistr_cmd

• rnaquast

• bactopia

• emmtyper

• plant_tribes_gene_family_classifier

• r-rblast

• crypto_typer

• chewbbaca

• gemoma

• dfast

• minvar

• ctat-metagenomics

• batvi

• metawatt

• t-coffee

• mtglink

• recognizer

• genblastg

• vcfkit

• spotyping

• maker

• haplotype-lso

• kobas

• haphpipe

• antismash

• asqcan

• spotyping3

• gmcloser

• abritamr

• gcluster

• super-focus

• braker2

• funannotate

• tesorter

• tetyper

• plasmidid

Installation

With an activated Bioconda channel (see 2. Set up channels), install with:

conda install blast

and update with:

conda update blast

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/blast:<tag>

(see blast/tags for valid values for <tag>)

Link to this page

Render an badge with the following MarkDown:

[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/blast/README.html)