recipe blast

BLAST+ is a new suite of BLAST tools that utilizes the NCBI C++ Toolkit.

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http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs

License

Public Domain

Recipe

/blast/meta.yaml

Links

biotools: blast, doi: 10.1016/S0022-2836(05)80360-2, usegalaxy-eu: ncbi_blastx_wrapper

package blast

Versions

2.10.1-1,  2.10.1-0,  2.9.0-7,  2.9.0-6,  2.9.0-5,  2.9.0-4,  2.9.0-3,  2.9.0-2,  2.9.0-1, 

2.10.1-1,  2.10.1-0,  2.9.0-7,  2.9.0-6,  2.9.0-5,  2.9.0-4,  2.9.0-3,  2.9.0-2,  2.9.0-1,  2.9.0-0,  2.7.1-6,  2.7.1-5,  2.7.1-3,  2.7.1-2,  2.7.1-1,  2.6.0-2,  2.6.0-1,  2.6.0-0,  2.5.0-3,  2.5.0-2,  2.5.0-1,  2.2.31-5,  2.2.31-4,  2.2.31-3,  2.2.31-2,  2.2.31-1,  2.2.21-0

Depends

• bzip2 >=1.0.8,<2.0a0

• curl >=7.71.1,<8.0a0

• entrez-direct

• libgcc-ng >=7.5.0

• libstdcxx-ng >=7.5.0

• pcre >=8.44,<9.0a0

• perl >=5.26.2,<5.26.3.0a0

• perl-archive-tar

• perl-json

• perl-list-moreutils

• zlib >=1.2.11,<1.3.0a0

Required By

• das_tool

• staramr

• constax

• semeta

• gemoma

• genometreetk

• riboseed

• rucs

• galru

• smeg

• pirate

• ismapper

• batvi

• checkv

• rnaquast

• fgap

• genblasta

• spotyping

• bttoxin_scanner

• virmet

• orthofinder

• maker

• bmtagger

• sistr_cmd

• frogs

• spotyping3

• kobas

• plasmidfinder

• kaptive

• srax

• cmfinder

• phylophlan

• rop

• emmtyper

• star-fusion

• prokka

• funannotate

• abricate

• genblastg

• genenotebook

• vcfkit

• bactopia

• asqcan

• whatsgnu

• datma

• ectyper

• oligotyping

• targetdb

• bttoxin_digger

• mtglink

• wade

• gcluster

• seqsero2

• fcp

• presto

• socru

• dfast

• nanovar

• perl-bio-mlst-check

• plant_tribes_kaks_analysis

• neptune

• chromatiblock

• perl-bio-automatedannotation

• scapp

• braker2

• r-rblast

• secapr

• clsify

• rgi

• grid

• primedrpa

• platon

• refinem

• ncbi-amrfinderplus

• mimseq

• fgmp

• minvar

• crypto_typer

• rnalien

• plant_tribes_gene_family_classifier

• thapbi-pict

• magicblast

• super-focus

• berokka

• quast

• mob_suite

• rkp

• orthomcl

• t-coffee

• hicap

• mitos

• unicycler

• find_differential_primers

• kraken2

• getorganelle

• roary

• chewbbaca

• sprai

• mlst

• anvio

• haplotype-lso

• tesorter

• gmcloser

• pyani

• mcl

• recognizer

• rsat-core

• metabinkit

• fastmlst

• magpurify

• ssuissero

• trinotate

• kmasker

• metawatt

• reparation_blast

• seqscreen

• bttcmp

• shiver

• busco

• haphpipe

• hs-blastn

• plasmidid

• ctat-metagenomics

• metaphlan2

• mosca

• isescan

• edta

• hpsuissero

• knock-knock

• fusion-filter

• zga

• metaxa

• metawrap

• dfast_qc

• tetyper

• kleborate

• metaphlan

• abritamr

• transrate

• amap

• antismash

• crb-blast

Installation

With an activated Bioconda channel (see 2. Set up channels), install with:

conda install blast

and update with:

conda update blast

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/blast:<tag>

(see blast/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/blast/README.html)