recipe blast

BLAST+ is a new suite of BLAST tools that utilizes the NCBI C++ Toolkit.

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http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs

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Public Domain

Recipe

/blast/meta.yaml

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biotools: blast, doi: 10.1016/S0022-2836(05)80360-2, usegalaxy-eu: ncbi_blastx_wrapper

package blast

Versions

2.12.0-0,  2.11.0-1,  2.11.0-0,  2.10.1-3,  2.10.1-2,  2.10.1-1,  2.10.1-0,  2.9.0-7,  2.9.0-6, 

2.12.0-0,  2.11.0-1,  2.11.0-0,  2.10.1-3,  2.10.1-2,  2.10.1-1,  2.10.1-0,  2.9.0-7,  2.9.0-6,  2.9.0-5,  2.9.0-4,  2.9.0-3,  2.9.0-2,  2.9.0-1,  2.9.0-0,  2.7.1-6,  2.7.1-5,  2.7.1-3,  2.7.1-2,  2.7.1-1,  2.6.0-2,  2.6.0-1,  2.6.0-0,  2.5.0-3,  2.5.0-2,  2.5.0-1,  2.2.31-5,  2.2.31-4,  2.2.31-3,  2.2.31-2,  2.2.31-1,  2.2.21-0

Depends

• bzip2 >=1.0.8,<2.0a0

• curl >=7.77.0,<8.0a0

• entrez-direct

• libgcc-ng >=9.3.0

• libstdcxx-ng >=9.3.0

• pcre >=8.45,<9.0a0

• perl >=5.26.2,<5.26.3.0a0

• perl-archive-tar

• perl-json

• perl-list-moreutils

• zlib >=1.2.11,<1.3.0a0

Required By

• plant_tribes_kaks_analysis

• roary

• primedrpa

• gs-tama

• orthomcl

• metawrap

• socru

• secapr

• genblastg

• shiver

• cpgeneprofiler

• bactopia

• miru-hero

• spotyping

• gnuvid

• rgi

• hicap

• asqcan

• funannotate

• braker2

• galru

• oligotyping

• kmasker

• batch_brb

• hpsuissero

• lissero

• knock-knock

• dfast

• targetdb

• fgmp

• ismapper

• fegenie

• psytrans

• semeta

• virmet

• smeg

• bttoxin_digger

• searchgui

• recognizer

• busco

• haphpipe

• emmtyper

• r-rblast

• staphopia-sccmec

• zga

• abritamr

• phylophlan

• fcp

• chromatiblock

• checkv

• riboseed

• tetyper

• fastmlst

• srax

• grid

• mcl

• ncbi-amrfinderplus

• pirate

• metachip

• coast

• edta

• ctat-metagenomics

• whatsgnu

• genometreetk

• sistr_cmd

• perl-bio-automatedannotation

• wade

• datma

• trinotate

• antismash

• orthofinder

• batvi

• metaphlan

• mosca

• seqsero2

• haplotype-lso

• minvar

• refinem

• rucs

• super-focus

• meningotype

• plasmidfinder

• magpurify

• kraken2

• mlst

• nanovar

• agrvate

• plasmidid

• rnaquast

• springsuite

• spotyping3

• bmtagger

• platon

• isescan

• metabinkit

• bttcmp

• reparation_blast

• scapp

• unicycler

• amap

• mob_suite

• lotus2

• bakta

• constax

• gmcloser

• cryptogenotyper

• das_tool

• rop

• tritimap

• anvio

• mirnature

• seqscreen

• ssuissero

• mitos

• t-coffee

• metawatt

• getorganelle

• fgap

• crypto_typer

• neptune

• quast

• tesorter

• mimseq

• crb-blast

• gemoma

• rsat-core

• presto

• star-fusion

• transrate

• staramr

• kleborate

• eukulele

• ectyper

• kobas

• cmfinder

• dfast_qc

• serotypefinder

• genblasta

• pyani

• shigeifinder

• codan

• thapbi-pict

• chewbbaca

• saspector

• metaxa

• hs-blastn

• fusion-filter

• sprai

• rkp

• gcluster

• bttoxin_scanner

• kaptive

• mitofinder

• clsify

• mtglink

• magicblast

• genenotebook

• rnalien

• maker

• perl-bio-mlst-check

• prokka

• taranis

• vcfkit

• abricate

• find_differential_primers

• plant_tribes_gene_family_classifier

• berokka

Installation

With an activated Bioconda channel (see 2. Set up channels), install with:

conda install blast

and update with:

conda update blast

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/blast:<tag>

(see blast/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/blast/README.html)