recipe blast

BLAST+ is a new suite of BLAST tools that utilizes the NCBI C++ Toolkit.

Homepage:

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs

License:

Public Domain

Recipe:

/blast/meta.yaml

Links:

biotools: blast, doi: 10.1016/S0022-2836(05)80360-2, usegalaxy-eu: ncbi_blastx_wrapper

package blast

Versions:

2.13.0-0,  2.12.0-4,  2.12.0-3,  2.12.0-2,  2.12.0-1,  2.12.0-0,  2.11.0-1,  2.11.0-0,  2.10.1-3, 

2.13.0-0,  2.12.0-4,  2.12.0-3,  2.12.0-2,  2.12.0-1,  2.12.0-0,  2.11.0-1,  2.11.0-0,  2.10.1-3,  2.10.1-2,  2.10.1-1,  2.10.1-0,  2.9.0-7,  2.9.0-6,  2.9.0-5,  2.9.0-4,  2.9.0-3,  2.9.0-2,  2.9.0-1,  2.9.0-0,  2.7.1-6,  2.7.1-5,  2.7.1-3,  2.7.1-2,  2.7.1-1,  2.6.0-2,  2.6.0-1,  2.6.0-0,  2.5.0-3,  2.5.0-2,  2.5.0-1,  2.2.31-5,  2.2.31-4,  2.2.31-3,  2.2.31-2,  2.2.31-1,  2.2.21-0

Depends:

• bzip2 >=1.0.8,<2.0a0

• curl >=7.83.1,<8.0a0

• entrez-direct

• libgcc-ng >=12

• libstdcxx-ng >=12

• libzlib >=1.2.12,<1.3.0a0

• pcre >=8.45,<9.0a0

• perl

• perl-archive-tar

• perl-json

• perl-list-moreutils

• zlib >=1.2.12,<1.3.0a0

Required By:

• perl-bio-mlst-check

• sonicparanoid

• datma

• gemoma

• taranis

• springsuite

• phylophlan

• srax

• tetyper

• dfast_qc

• gnuvid

• mitos

• gmcloser

• mosca

• rop

• ezaai

• oligotyping

• plannotate

• interproscan

• trinotate

• metabinkit

• mirfix

• kaptive

• tesorter

• codan

• unicycler

• haphpipe

• mitoz

• gs-tama

• genenotebook

• braker2

• dfast

• iphop

• rkp

• saspector

• vcfkit

• antismash

• cpgeneprofiler

• knock-knock

• abritamr

• mitofinder

• hapsolo

• kraken2

• purge_dups

• plant_tribes_kaks_analysis

• primedrpa

• thapbi-pict

• socru

• anvio

• presto

• chromatiblock

• orthofinder

• genblasta

• mdmcleaner

• batch_brb

• ncbi-amrfinderplus

• plasmidid

• roary

• wade

• whatsgnu

• antismash-lite

• markermag

• mcl

• plant_tribes_gene_family_classifier

• abricate

• magcluster

• fegenie

• orthomcl

• miru-hero

• riboseed

• secapr

• mummer2circos

• kleborate

• staphopia-sccmec

• liv_utils

• das_tool

• tritimap

• etoki

• rgi

• shigeifinder

• spotyping3

• cryptogenotyper

• blastmining

• srnaminer

• crb-blast

• hs-blastn

• pmga

• qhery

• hicap

• pasty

• seqscreen

• find_differential_primers

• lotus2

• rnaquast

• galru

• emmtyper

• mirnature

• ctat-metagenomics

• agrvate

• bmtagger

• perl-bio-automatedannotation

• t-coffee

• transrate

• metawatt

• bttoxin_scanner

• maker

• semeta

• magphi

• fastmlst

• prokka

• busco

• pantools

• fgap

• resfinder

• genblastg

• scapp

• minvar

• bactopia

• r-rblast

• rnalien

• hybran

• bttoxin_digger

• mimseq

• ectyper

• virmet

• searchgui

• virulencefinder

• funannotate

• pirate

• smeg

• batvi

• metaxa

• asqcan

• genview

• clsify

• icescreen

• haplotype-lso

• edta

• mhg

• lissero

• metawrap-mg

• spotyping

• phylofisher

• pavfinder

• serotypefinder

• dnaweaver

• args_oap

• platon

• mob_suite

• ssuissero

• kmasker

• getorganelle

• coast

• magpurify

• nanovar

• rsat-core

• recognizer

• metachip

• crypto_typer

• provean

• rucs

• sprai

• star-fusion

• bttcmp

• staramr

• ismapper

• psytrans

• reparation_blast

• get_homologues

• ccne

• grid

• refinem

• meningotype

• isescan

• neofox

• sistr_cmd

• targetdb

• fgmp

• gcluster

• metaphlan

• shiver

• mcroni

• mydbfinder

• efishent

• straglr

• kobas

• btyper3

• fusion-filter

• pbptyper

• pmlst

• cmfinder

• eukulele

• vadr

• cctk

• olivar

• opfi

• zga

• constax

• super-focus

• amap

• neptune

• stecfinder

• chewbbaca

• hpsuissero

• mlst-cge

• bakta

• hafez

• genometreetk

• quast

• fcp

• plasmidfinder

• seqsero2

• mlst

• metaclock

• pyani

• berokka

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install blast

and update with:

conda update blast

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/blast:<tag>

(see blast/tags for valid values for <tag>)

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