recipe blast

BLAST+ is a new suite of BLAST tools that utilizes the NCBI C++ Toolkit.

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http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs

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Public Domain

Recipe

/blast/meta.yaml

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biotools: blast, doi: 10.1016/S0022-2836(05)80360-2, usegalaxy-eu: ncbi_blastx_wrapper

package blast

Versions

2.11.0-0,  2.10.1-3,  2.10.1-2,  2.10.1-1,  2.10.1-0,  2.9.0-7,  2.9.0-6,  2.9.0-5,  2.9.0-4, 

2.11.0-0,  2.10.1-3,  2.10.1-2,  2.10.1-1,  2.10.1-0,  2.9.0-7,  2.9.0-6,  2.9.0-5,  2.9.0-4,  2.9.0-3,  2.9.0-2,  2.9.0-1,  2.9.0-0,  2.7.1-6,  2.7.1-5,  2.7.1-3,  2.7.1-2,  2.7.1-1,  2.6.0-2,  2.6.0-1,  2.6.0-0,  2.5.0-3,  2.5.0-2,  2.5.0-1,  2.2.31-5,  2.2.31-4,  2.2.31-3,  2.2.31-2,  2.2.31-1,  2.2.21-0

Depends

• bzip2 >=1.0.8,<2.0a0

• curl >=7.75.0,<8.0a0

• entrez-direct

• libgcc-ng >=7.5.0

• libstdcxx-ng >=7.5.0

• pcre >=8.44,<9.0a0

• perl >=5.26.2,<5.26.3.0a0

• perl-archive-tar

• perl-json

• perl-list-moreutils

• zlib >=1.2.11,<1.3.0a0

Required By

• dfast

• spotyping3

• gmcloser

• metachip

• orthomcl

• sprai

• thapbi-pict

• zga

• constax

• asqcan

• rnaquast

• unicycler

• mtglink

• plant_tribes_kaks_analysis

• checkv

• magicblast

• abricate

• fgap

• prokka

• smeg

• crypto_typer

• mitofinder

• secapr

• cmfinder

• genometreetk

• roary

• kleborate

• t-coffee

• gnuvid

• mirnature

• galru

• presto

• cryptogenotyper

• targetdb

• mimseq

• tesorter

• bactopia

• staramr

• chewbbaca

• edta

• nanovar

• lotus2

• bakta

• maker

• getorganelle

• mcl

• ctat-metagenomics

• refinem

• magpurify

• haplotype-lso

• genblasta

• metawrap

• anvio

• chromatiblock

• perl-bio-automatedannotation

• socru

• crb-blast

• mitos

• seqscreen

• shiver

• metaxa

• fastmlst

• r-rblast

• kraken2

• bmtagger

• phylophlan

• pirate

• scapp

• tritimap

• riboseed

• psytrans

• find_differential_primers

• abritamr

• rgi

• fcp

• orthofinder

• kmasker

• cpgeneprofiler

• meningotype

• hicap

• isescan

• kaptive

• reparation_blast

• ssuissero

• rop

• metawatt

• recognizer

• ncbi-amrfinderplus

• fusion-filter

• tetyper

• metabinkit

• mlst

• plasmidfinder

• bttoxin_scanner

• genenotebook

• vcfkit

• platon

• knock-knock

• mob_suite

• antismash

• seqsero2

• oligotyping

• emmtyper

• super-focus

• haphpipe

• bttcmp

• hpsuissero

• rkp

• plasmidid

• sistr_cmd

• gcluster

• dfast_qc

• transrate

• hs-blastn

• eukulele

• spotyping

• bttoxin_digger

• trinotate

• funannotate

• minvar

• srax

• rnalien

• wade

• batch_brb

• quast

• semeta

• mosca

• star-fusion

• whatsgnu

• kobas

• ismapper

• shigeifinder

• genblastg

• neptune

• pyani

• datma

• metaphlan

• das_tool

• primedrpa

• perl-bio-mlst-check

• virmet

• gemoma

• ectyper

• grid

• rsat-core

• rucs

• clsify

• batvi

• amap

• springsuite

• plant_tribes_gene_family_classifier

• busco

• berokka

• braker2

• fgmp

• lissero

Installation

With an activated Bioconda channel (see 2. Set up channels), install with:

conda install blast

and update with:

conda update blast

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/blast:<tag>

(see blast/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/blast/README.html)