recipe bwa

The BWA read mapper.

Homepage:

https://github.com/lh3/bwa

License:

GPL3

Recipe:

/bwa/meta.yaml

Links:

biotools: bwa, usegalaxy-eu: bwa_mem, usegalaxy-eu: bwa

package bwa

Versions:

0.7.17-9,  0.7.17-8,  0.7.17-7,  0.7.17-6,  0.7.17-5,  0.7.17-4,  0.7.17-3,  0.7.17-2,  0.7.17-1, 

0.7.17-9,  0.7.17-8,  0.7.17-7,  0.7.17-6,  0.7.17-5,  0.7.17-4,  0.7.17-3,  0.7.17-2,  0.7.17-1,  0.7.17-0,  0.7.16-0,  0.7.15-1,  0.7.15-0,  0.7.13-1,  0.7.13-0,  0.7.12-1,  0.7.12-0,  0.7.8-7,  0.7.8-6,  0.7.8-5,  0.7.8-4,  0.7.8-3,  0.7.8-2,  0.7.8-1,  0.7.8-0,  0.7.4-5,  0.7.4-4,  0.7.4-3,  0.7.4-2,  0.7.4-1,  0.7.4-0,  0.7.3a-7,  0.7.3a-6,  0.7.3a-5,  0.7.3a-4,  0.7.3a-3,  0.7.3a-2,  0.7.3a-1,  0.7.3a-0,  0.6.2-2,  0.6.2-1,  0.6.2-0,  0.5.9-2,  0.5.9-1,  0.5.9-0

Depends:

• libgcc-ng >=10.3.0

• libzlib >=1.2.11,<1.3.0a0

• perl

• zlib >=1.2.11,<1.3.0a0

Required By:

• harvest-variants

• nanomonsv

• minvar

• ngless

• phenix

• snippy

• phame

• fusioncatcher

• chorus2

• anvio

• iqkm

• srnapipe

• coverm

• ddocent

• itero

• pavfinder

• pb-assembly

• artic

• rnftools

• pseudo-it

• vcfkit

• riboseed

• rgi

• args_oap

• pirs

• qtlseq

• chira

• chisel

• motus

• fermikit

• clever-toolkit

• rucs

• hint

• xtea

• shovill

• vsnp

• lrtk

• quatradis

• tigmint

• gridss

• rosella

• nanoraw

• metabinner

• tiddit

• bamm

• bwameth

• parascopy

• masurca

• discosnp

• scapp

• batvi

• mtsv

• rop

• hapog

• etoki

• relocate2

• rd-analyzer

• ismapper

• deepmod

• megapath

• bttoxin_digger

• haphpipe

• nanomod

• breakseq2

• novobreak

• abeona

• ericscript

• vsnp3

• savage

• stringmlst

• repdenovo

• rilseq

• panpasco

• biotradis

• pathogen-profiler

• hla-asm

• treesapp

• mtbseq

• ccne

• ngs_te_mapper2

• mvirs

• mitoz

• eukcc

• haploconduct

• tetyper

• quantpi

• nextpolish

• athena_meta

• circlator

• datma

• seqsero2

• wgfast

• uvp

• vrhyme

• tritimap

• dragonflye

• lorikeet-genome

• spectrassembler

• shovill-se

• ipyrad

• secapr

• ciriquant

• pyseer

• quast

• daisysuite

• targqc

• bwakit

• virmet

• hla-la

• shigeifinder

• plassembler

• metaplatanus

• gottcha

• metawrap-mg

• minys

• hitea

• mutmap

• hiline

• microhapulator

• xyalign

• phyluce

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install bwa

and update with:

conda update bwa

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/bwa:<tag>

(see bwa/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/bwa/README.html)