recipe bwa

The BWA read mapper.

Homepage

https://github.com/lh3/bwa

License

GPL3

Recipe

/bwa/meta.yaml

Links

biotools: bwa, usegalaxy-eu: bwa_mem, usegalaxy-eu: bwa

package bwa

Versions

0.7.17-8,  0.7.17-7,  0.7.17-6,  0.7.17-5,  0.7.17-4,  0.7.17-3,  0.7.17-2,  0.7.17-1,  0.7.17-0, 

0.7.17-8,  0.7.17-7,  0.7.17-6,  0.7.17-5,  0.7.17-4,  0.7.17-3,  0.7.17-2,  0.7.17-1,  0.7.17-0,  0.7.16-0,  0.7.15-1,  0.7.15-0,  0.7.13-1,  0.7.13-0,  0.7.12-1,  0.7.12-0,  0.7.8-6,  0.7.8-5,  0.7.8-4,  0.7.8-3,  0.7.8-2,  0.7.8-1,  0.7.8-0,  0.7.4-4,  0.7.4-3,  0.7.4-2,  0.7.4-1,  0.7.4-0,  0.7.3a-6,  0.7.3a-5,  0.7.3a-4,  0.7.3a-3,  0.7.3a-2,  0.7.3a-1,  0.7.3a-0,  0.6.2-2,  0.6.2-1,  0.6.2-0,  0.5.9-2,  0.5.9-1,  0.5.9-0

Depends

• libgcc-ng >=9.3.0

• perl

• zlib >=1.2.11,<1.3.0a0

Required By

• deepmod

• fermikit

• xyalign

• mutmap

• itero

• pathogen-profiler

• phame

• motus

• shigeifinder

• uvp

• ddocent

• pirs

• bwameth

• ismapper

• datma

• metaplatanus

• snippy

• lorikeet-genome

• ericscript

• rnftools

• circlator

• mtbseq

• novobreak

• phenix

• rop

• rosella

• rd-analyzer

• stringmlst

• eukcc

• haphpipe

• gridss

• riboseed

• spectrassembler

• rucs

• iqkm

• hitea

• breakseq2

• abeona

• seqsero2

• wgfast

• tb-profiler

• metawrap

• hint

• rgi

• pb-assembly

• artic

• qtlseq

• targqc

• biotradis

• nanomod

• bttoxin_digger

• fusioncatcher

• tigmint

• chira

• scapp

• minvar

• metabinner

• nanopolish

• pyseer

• nanoraw

• virmet

• bwakit

• coverm

• rilseq

• tritimap

• shovill

• repdenovo

• clever-toolkit

• vcfkit

• xtea

• panpasco

• daisysuite

• treesapp

• scanindel

• ngs_te_mapper2

• shovill-se

• savage

• relocate2

• chorus2

• phyluce

• anvio

• haploconduct

• minys

• hiline

• secapr

• gottcha

• athena_meta

• batvi

• ipyrad

• mtsv

• vsnp

• hla-la

• srnapipe

• bamm

• discosnp

• megapath

• tetyper

• parascopy

Installation

With an activated Bioconda channel (see 2. Set up channels), install with:

conda install bwa

and update with:

conda update bwa

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/bwa:<tag>

(see bwa/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/bwa/README.html)