recipe bwa

The BWA read mapper.

Homepage:

https://github.com/lh3/bwa

License:

GPL3

Recipe:

/bwa/meta.yaml

Links:

biotools: bwa, usegalaxy-eu: bwa_mem, usegalaxy-eu: bwa

package bwa

Versions:

0.7.17-9,  0.7.17-8,  0.7.17-7,  0.7.17-6,  0.7.17-5,  0.7.17-4,  0.7.17-3,  0.7.17-2,  0.7.17-1, 

0.7.17-9,  0.7.17-8,  0.7.17-7,  0.7.17-6,  0.7.17-5,  0.7.17-4,  0.7.17-3,  0.7.17-2,  0.7.17-1,  0.7.17-0,  0.7.16-0,  0.7.15-1,  0.7.15-0,  0.7.13-1,  0.7.13-0,  0.7.12-1,  0.7.12-0,  0.7.8-7,  0.7.8-6,  0.7.8-5,  0.7.8-4,  0.7.8-3,  0.7.8-2,  0.7.8-1,  0.7.8-0,  0.7.4-5,  0.7.4-4,  0.7.4-3,  0.7.4-2,  0.7.4-1,  0.7.4-0,  0.7.3a-7,  0.7.3a-6,  0.7.3a-5,  0.7.3a-4,  0.7.3a-3,  0.7.3a-2,  0.7.3a-1,  0.7.3a-0,  0.6.2-2,  0.6.2-1,  0.6.2-0,  0.5.9-2,  0.5.9-1,  0.5.9-0

Depends:

• libgcc-ng >=10.3.0

• libzlib >=1.2.11,<1.3.0a0

• perl

• zlib >=1.2.11,<1.3.0a0

Required By:

• tritimap

• vsnp3

• stringmlst

• lorikeet-genome

• athena_meta

• rgi

• bwameth

• srnapipe

• parascopy

• quast

• gridss

• panpasco

• metawrap-mg

• tiddit

• shovill

• pb-assembly

• savage

• ipyrad

• xtea

• deepmod

• dragonflye

• lrtk

• snippy

• targqc

• rilseq

• circlator

• abeona

• rop

• anvio

• shovill-se

• mtsv

• scapp

• riboseed

• uvp

• mtbseq

• gottcha

• chira

• ismapper

• virmet

• clever-toolkit

• nanomod

• secapr

• haphpipe

• nextpolish

• mitoz

• fermikit

• pyseer

• harvest-variants

• mvirs

• treesapp

• vsnp

• eukcc

• hitea

• hiline

• quatradis

• ccne

• phame

• minvar

• relocate2

• batvi

• phenix

• hapog

• hla-asm

• metaplatanus

• breakseq2

• artic

• vrhyme

• ddocent

• nanomonsv

• phyluce

• tetyper

• minys

• haploconduct

• repdenovo

• motus

• hla-la

• ngs_te_mapper2

• discosnp

• microhapulator

• iqkm

• masurca

• pirs

• bwakit

• quantpi

• seqsero2

• datma

• ngless

• bttoxin_digger

• coverm

• shigeifinder

• pathogen-profiler

• xyalign

• itero

• spectrassembler

• qtlseq

• biotradis

• hint

• novobreak

• chorus2

• megapath

• metabinner

• vcfkit

• rosella

• daisysuite

• chisel

• nanoraw

• tigmint

• fusioncatcher

• bamm

• scanindel

• rd-analyzer

• etoki

• ericscript

• wgfast

• rnftools

• rucs

• mutmap

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install bwa

and update with:

conda update bwa

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/bwa:<tag>

(see bwa/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/bwa/README.html)