recipe bwa

The BWA read mapper.

Homepage

https://github.com/lh3/bwa

License

GPL3

Recipe

/bwa/meta.yaml

Links

biotools: bwa

package bwa

Versions

0.7.17-7,  0.7.17-6,  0.7.17-5,  0.7.17-4,  0.7.17-3,  0.7.17-2,  0.7.17-1,  0.7.17-0,  0.7.16-0, 

0.7.17-7,  0.7.17-6,  0.7.17-5,  0.7.17-4,  0.7.17-3,  0.7.17-2,  0.7.17-1,  0.7.17-0,  0.7.16-0,  0.7.15-1,  0.7.15-0,  0.7.13-1,  0.7.13-0,  0.7.12-1,  0.7.12-0,  0.7.8-5,  0.7.8-4,  0.7.8-3,  0.7.8-2,  0.7.8-1,  0.7.8-0,  0.7.4-3,  0.7.4-2,  0.7.4-1,  0.7.4-0,  0.7.3a-5,  0.7.3a-4,  0.7.3a-3,  0.7.3a-2,  0.7.3a-1,  0.7.3a-0,  0.6.2-2,  0.6.2-1,  0.6.2-0,  0.5.9-2,  0.5.9-1,  0.5.9-0

Depends

• libgcc-ng >=7.3.0

• perl

• zlib >=1.2.11,<1.3.0a0

Required By

• phenix

• stringmlst

• pb-assembly

• phyluce

• savage

• snippy

• ipyrad

• riboseed

• artic

• hint

• pyseer

• lorikeet-genome

• rop

• shovill

• uvp

• scanindel

• ericscript

• minvar

• treesapp

• rucs

• tetyper

• mtsv

• rilseq

• chorus2

• hiline

• novobreak

• vsnp

• circlator

• wg-blimp

• bwakit

• targqc

• wgfast

• fermikit

• minys

• nanomod

• phame

• haploconduct

• chira

• pathogen-profiler

• haphpipe

• deepmod

• abeona

• pirs

• metawrap

• scapp

• tb-profiler

• gridss

• hitea

• mtbseq

• coverm

• nanopolish

• mutmap

• biotradis

• hla-la

• panpasco

• breakseq2

• rgi

• qtlseq

• rnftools

• daisysuite

• fusioncatcher

• athena_meta

• virmet

• itero

• secapr

• vcfkit

• discosnp

• spectrassembler

• motus

• anvio

• relocate2

• clever-toolkit

• bamm

• srnapipe

• batvi

• bwameth

• seqsero2

• ismapper

• gottcha

• ddocent

• nanoraw

• repdenovo

• xyalign

• datma

Installation

With an activated Bioconda channel (see 2. Set up channels), install with:

conda install bwa

and update with:

conda update bwa

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/bwa:<tag>

(see bwa/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/bwa/README.html)