recipe bwa

The BWA read mapper.

Homepage:

https://github.com/lh3/bwa

License:

GPL3

Recipe:

/bwa/meta.yaml

Links:

biotools: bwa, usegalaxy-eu: bwa_mem, usegalaxy-eu: bwa

package bwa

Versions:

0.7.17-11,  0.7.17-10,  0.7.17-9,  0.7.17-8,  0.7.17-7,  0.7.17-6,  0.7.17-5,  0.7.17-4,  0.7.17-3, 

0.7.17-11,  0.7.17-10,  0.7.17-9,  0.7.17-8,  0.7.17-7,  0.7.17-6,  0.7.17-5,  0.7.17-4,  0.7.17-3,  0.7.17-2,  0.7.17-1,  0.7.17-0,  0.7.16-0,  0.7.15-1,  0.7.15-0,  0.7.13-1,  0.7.13-0,  0.7.12-1,  0.7.12-0,  0.7.8-9,  0.7.8-8,  0.7.8-7,  0.7.8-6,  0.7.8-5,  0.7.8-4,  0.7.8-3,  0.7.8-2,  0.7.8-1,  0.7.8-0,  0.7.4-7,  0.7.4-6,  0.7.4-5,  0.7.4-4,  0.7.4-3,  0.7.4-2,  0.7.4-1,  0.7.4-0,  0.7.3a-9,  0.7.3a-8,  0.7.3a-7,  0.7.3a-6,  0.7.3a-5,  0.7.3a-4,  0.7.3a-3,  0.7.3a-2,  0.7.3a-1,  0.7.3a-0,  0.6.2-2,  0.6.2-1,  0.6.2-0,  0.5.9-2,  0.5.9-1,  0.5.9-0

Depends:

• libgcc-ng >=12

• libzlib >=1.2.13,<1.3.0a0

• perl

• zlib

Required By:

• phame

• megapath

• xtea

• chorus2

• nanomonsv

• repdenovo

• tetyper

• treesapp

• shovill

• masurca

• hla-asm

• seqsero2

• datma

• ismapper

• mvirs

• uvp

• nextpolish

• mtbseq

• chisel

• ngless

• nanoraw

• quast

• bamm

• lrtk

• itero

• pb-assembly

• pathogen-profiler

• pavfinder

• scapp

• gottcha

• secapr

• targqc

• mutmap

• artic

• circlator

• minvar

• harpy

• viralflye

• seqverify

• riboseed

• pseudo-it

• pyseer

• pirs

• wgfast

• qtlseq

• vsnp3

• abeona

• vrhyme

• bwakit

• xyalign

• batvi

• savage

• ngs_te_mapper2

• biotradis

• panpasco

• phenix

• eukcc

• chira

• parascopy

• vcfkit

• rucs

• snippy

• rosella

• ccne

• hla-la

• lorikeet-genome

• clever-toolkit

• tigmint

• ericscript

• rop

• ipyrad

• fusioncatcher

• minys

• tritimap

• fermikit

• spectrassembler

• athena_meta

• mtsv

• breakseq2

• anvio

• virmet

• quantpi

• tiddit

• iqkm

• gridss

• deepmod

• seqscreen

• srnapipe

• shovill-se

• dragonflye

• motus

• stringmlst

• coverm

• metaplatanus

• mitoz

• bwameth

• metagem

• relocate2

• args_oap

• ddocent

• novobreak

• etoki

• daisysuite

• shigeifinder

• nanomod

• metabinner

• haphpipe

• harvest-variants

• vsnp

• hybpiper

• hint

• hiline

• rgi

• rd-analyzer

• ciriquant

• hitea

• microhapulator

• hapog

• metawrap-mg

• rnftools

• rilseq

• haploconduct

• bttoxin_digger

• discosnp

• quatradis

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install bwa

and update with:

conda update bwa

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/bwa:<tag>

(see bwa/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/bwa/README.html)