recipe crispritz

CRISPRitz, tool package for CRISPR experiments assessment and analysis.

Homepage:

https://github.com/pinellolab/CRISPRitz

License:

GPL3

Recipe:

/crispritz/meta.yaml

package crispritz

Versions:

2.6.6-1,  2.6.6-0,  2.6.5-1,  2.6.5-0,  2.6.4-0,  2.6.3-1,  2.6.3-0,  2.6.2-0,  2.6.1-0, 

2.6.6-1,  2.6.6-0,  2.6.5-1,  2.6.5-0,  2.6.4-0,  2.6.3-1,  2.6.3-0,  2.6.2-0,  2.6.1-0,  2.6.0-0,  2.5.9-0,  2.5.8-0,  2.5.7-1,  2.5.7-0,  2.5.6-0,  2.5.5-0,  2.5.4-0,  2.5.3-1,  2.5.3-0,  2.5.2-0,  2.5.1-0,  2.5.0-0,  2.4.9-0,  2.4.8-0,  2.4.7-0,  2.4.6-0,  2.4.3-0,  2.4.2-0,  2.4.1-0,  2.3.8-0,  2.3.7-1,  2.3.7-0,  2.3.6-2,  2.3.6-1,  2.3.6-0,  2.3.5-0,  2.3.4-0,  2.3.3-0,  2.3.2-1,  2.3.2-0,  2.3.1-1,  2.3.1-0,  2.2.0-0,  2.1.1-0,  2.1.0-0,  1.2.1-0,  1.2.0-0,  1.1.1-1,  1.1.1-0,  1.1.0-1,  1.1.0-0,  1.0.5-0,  1.0.3-0

Depends:

• _openmp_mutex >=4.5

• bcftools

• bedops

• bedtools

• biopython

• boost-cpp >=1.78.0,<1.78.1.0a0

• htslib

• intervaltree

• libgcc-ng >=12

• libstdcxx-ng >=12

• matplotlib-base

• more-itertools

• numpy

• openmp

• pandas

• python >=3.8,<3.9.0a0

• python_abi 3.8.* *_cp38

• rename

• scikit-learn 0.23.2.*

• scipy

• statsmodels

• tk

Required By:

• crisprme

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install crispritz

and update with:

conda update crispritz

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/crispritz:<tag>

(see crispritz/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/crispritz/README.html)