recipe cyvcf2

A cython wrapper around htslib built for fast parsing of Variant Call Format (VCF) files

Homepage:

https://github.com/brentp/cyvcf2

License:

MIT

Recipe:

/cyvcf2/meta.yaml

package cyvcf2

Versions:

0.30.16-2,  0.30.16-1,  0.30.16-0,  0.30.15-1,  0.30.15-0,  0.30.14-1,  0.30.14-0,  0.30.13-0,  0.30.12-0, 

0.30.16-2,  0.30.16-1,  0.30.16-0,  0.30.15-1,  0.30.15-0,  0.30.14-1,  0.30.14-0,  0.30.13-0,  0.30.12-0,  0.30.11-2,  0.30.11-1,  0.30.11-0,  0.30.9-0,  0.30.8-0,  0.30.6-1,  0.30.6-0,  0.30.4-0,  0.30.2-0,  0.30.1-0,  0.20.9-0,  0.20.8-0,  0.20.7-0,  0.20.6-0,  0.20.5-0,  0.20.4-1,  0.20.4-0,  0.20.3-0,  0.20.1-1,  0.20.1-0,  0.20.0-1,  0.20.0-0,  0.11.7-0,  0.11.6-0,  0.11.5-1,  0.11.5-0,  0.11.4-0,  0.11.2-0,  0.10.10-0,  0.10.8-2,  0.10.8-1,  0.10.8-0,  0.10.0-0,  0.8.4-4,  0.8.4-3,  0.8.4-2,  0.8.4-1,  0.8.4-0,  0.8.0-0,  0.7.2-3,  0.7.2-2,  0.7.2-1,  0.7.2-0,  0.6.6a-0,  0.6.5-0,  0.5.5-0,  0.5.3-0,  0.5.1-0,  0.5.0-0,  0.4.2-0,  0.4.1-0,  0.4.0-0,  0.3.2-0,  0.3.0-0,  0.2.8-0,  0.2.6-0,  0.2.5-0,  0.2.4-0,  0.2.3-0,  0.2.2-0,  0.2.0-0

Depends:

• click

• coloredlogs

• htslib >=1.17,<1.18.0a0

• libcurl >=8.1.0,<9.0a0

• libgcc-ng >=12

• libzlib >=1.2.13,<1.3.0a0

• numpy >=1.21.6,<2.0a0

• openssl >=3.1.0,<4.0a0

• python >=3.10,<3.11.0a0

• python_abi 3.10.* *_cp310

• zlib

Required By:

• vcf2variants

• eagle

• gvcf2bed

• vcf2db

• peddy

• unfazed

• ggd

• vafator

• vcf2tsvpy

• vcfkit

• gemini

• pdivas

• tmb

• biotdg

• haptools

• dinf

• tbpore

• kipoi_veff

• surpyvor

• rhocall

• trtools

• vtools

• pygvcf2coverage

• pgx-variant-tools

• consplice

• bcbio-nextgen

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install cyvcf2

and update with:

conda update cyvcf2

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/cyvcf2:<tag>

(see cyvcf2/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/cyvcf2/README.html)