recipe deeptools

A set of user-friendly tools for normalization and visualzation of deep-sequencing data

Homepage:

https://github.com/deeptools/deepTools

License:

GPL3

Recipe:

/deeptools/meta.yaml

Links:

biotools: deeptools, doi: 10.1093/nar/gkw257, usegalaxy-eu: deeptools_plot_heatmap

package deeptools

Versions:

3.5.2-0,  3.5.1-1,  3.5.1-0,  3.5.0-0,  3.4.3-0,  3.4.2-0,  3.4.1-0,  3.4.0-0,  3.3.2-1, 

3.5.2-0,  3.5.1-1,  3.5.1-0,  3.5.0-0,  3.4.3-0,  3.4.2-0,  3.4.1-0,  3.4.0-0,  3.3.2-1,  3.3.2-0,  3.3.1-0,  3.3.0-0,  3.2.1-0,  3.2.0-0,  3.1.3-1,  3.1.3-0,  3.1.2-0,  3.1.1-0,  3.1.0-0,  3.0.2-0,  3.0.1-1,  3.0.1-0,  3.0.0-0,  2.5.7-0,  2.5.6-0,  2.5.5-0,  2.5.4-0,  2.5.3-0,  2.5.2-0,  2.5.1-0,  2.5.0-0,  2.4.3-0,  2.4.2-0,  2.4.1-1,  2.4.1-0,  2.4.0-0,  2.3.6-2,  2.3.6-1,  2.3.5-2,  2.3.5-1,  2.3.5-0,  2.3.4-0,  2.3.3-0,  2.3.2-0,  2.3.1-0,  2.2.4-0,  2.2.3-0,  2.2.2-0,  2.2.1-0,  2.2.0-0,  2.1.0-0,  2.0.1-0,  2.0.0-0,  1.5.9.1-0,  1.5.8.2-0

Depends:

• deeptoolsintervals >=0.1.8

• matplotlib-base >=3.1.0

• numpy >=1.9.0,<1.24

• plotly >=2.0.0

• py2bit >=0.2.0

• pybigwig >=0.2.3

• pysam >=0.14.0

• python >=3

• scipy >=0.17.0

Required By:

• minute

• ultraheatmap

• bioconvert

• ssdrippipeline

• liquorice

• ccne

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install deeptools

and update with:

conda update deeptools

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/deeptools:<tag>

(see deeptools/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/deeptools/README.html)