recipe gatk4

Genome Analysis Toolkit (GATK4)

Homepage:

https://www.broadinstitute.org/gatk/

Developer docs:

https://github.com/broadinstitute/gatk

License:

BSD / BSD-3-Clause

Recipe:

/gatk4/meta.yaml

package gatk4

Versions:

4.3.0.0-0,  4.2.6.1-1,  4.2.6.1-0,  4.2.6.0-0,  4.2.5.0-0,  4.2.4.1-0,  4.2.4.0-0,  4.2.3.0-1,  4.2.3.0-0, 

4.3.0.0-0,  4.2.6.1-1,  4.2.6.1-0,  4.2.6.0-0,  4.2.5.0-0,  4.2.4.1-0,  4.2.4.0-0,  4.2.3.0-1,  4.2.3.0-0,  4.2.2.0-1,  4.2.2.0-0,  4.2.1.0-0,  4.2.0.0-1,  4.2.0.0-0,  4.1.9.0-0,  4.1.8.1-0,  4.1.8.0-0,  4.1.7.0-0,  4.1.6.0-0,  4.1.5.0-1,  4.1.5.0-0,  4.1.4.1-1,  4.1.4.1-0,  4.1.4.0-1,  4.1.4.0-0,  4.1.3.0-0,  4.1.2.0-1,  4.1.2.0-0,  4.1.1.0-0,  4.1.0.0-0,  4.0.12.0-0,  4.0.11.0-0,  4.0.10.0-0,  4.0.9.0-0,  4.0.8.1-0,  4.0.7.0-0,  4.0.6.0-0,  4.0.5.2-0,  4.0.5.1-0,  4.0.4.0-0,  4.0.3.0-1,  4.0.3.0-0,  4.0.2.1-0,  4.0.2.0-0,  4.0.1.2-0,  4.0.1.1-0,  4.0.1.0-0,  4.0.0.0-0,  4.0b6-0,  4.0b5-0,  4.0b4-0,  4.0b3-0,  4.0b2-0,  4.0b1-0,  4.0a1.2.7.2-2

Depends:

• openjdk >=8,<12

• python

Required By:

• macaron

• ctat-mutations

• megapath

• pseudo-it

• tritimap

• gatk4-spark

• somaticseq

• pathogen-profiler

• drop

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install gatk4

and update with:

conda update gatk4

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/gatk4:<tag>

(see gatk4/tags for valid values for <tag>)

package gatk4-spark

Versions:

4.3.0.0-0,  4.2.6.1-1,  4.2.6.1-0,  4.2.6.0-0,  4.2.5.0-0,  4.2.4.1-0,  4.2.4.0-0,  4.2.3.0-1,  4.2.3.0-0, 

4.3.0.0-0,  4.2.6.1-1,  4.2.6.1-0,  4.2.6.0-0,  4.2.5.0-0,  4.2.4.1-0,  4.2.4.0-0,  4.2.3.0-1,  4.2.3.0-0,  4.2.2.0-1,  4.2.2.0-0,  4.2.1.0-0,  4.2.0.0-1,  4.2.0.0-0,  4.1.9.0-0,  4.1.8.1-0,  4.1.8.0-0,  4.1.7.0-0,  4.1.6.0-0,  4.1.5.0-1,  4.1.5.0-0,  4.1.4.1-1,  4.1.4.1-0,  4.1.4.0-1,  4.1.4.0-0,  4.1.3.0-0,  4.1.2.0-1

Depends:

• gatk4 4.3.0.0 py36hdfd78af_0

• openjdk >=8,<12

• python

Required By:

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install gatk4-spark

and update with:

conda update gatk4-spark

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/gatk4-spark:<tag>

(see gatk4-spark/tags for valid values for <tag>)

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