recipe gmap

Genomic mapping and alignment program for mRNA and EST sequences.

Homepage:

http://research-pub.gene.com/gmap/

License:

APACHE / Apache-2.0

Recipe:

/gmap/meta.yaml

Links:

biotools: gmap, biotools: gsnap, doi: 10.1093/bioinformatics/bti310, doi: 10.1093/bioinformatics/btq057

package gmap

Versions:

2023.04.28-0,  2023.03.24-1,  2023.03.24-0,  2021.08.25-2,  2021.08.25-1,  2021.08.25-0,  2021.05.27-0,  2021.03.08-0,  2021.02.22-3, 

2023.04.28-0,  2023.03.24-1,  2023.03.24-0,  2021.08.25-2,  2021.08.25-1,  2021.08.25-0,  2021.05.27-0,  2021.03.08-0,  2021.02.22-3,  2021.02.22-1,  2021.02.22-0,  2020.10.14-0,  2020.06.30-0,  2020.06.01-1,  2020.06.01-0,  2020.04.08-1,  2020.04.08-0,  2019.09.12-1,  2019.09.12-0,  2019.06.10-0,  2019.02.26-0,  2018.07.04-0,  2018.03.25-2,  2018.03.25-1,  2018.03.25-0,  2017.11.15-4,  2017.11.15-3,  2017.11.15-2,  2017.11.15-1,  2017.11.15-0,  2017.10.30-6,  2017.10.30-5,  2017.10.30-4,  2017.10.30-3,  2017.10.30-2,  2017.10.30-1,  2017.10.30-0,  2017.09.30-7,  2017.09.30-6,  2017.09.30-5,  2017.09.30-4,  2017.09.30-3,  2017.09.30-2,  2017.09.30-1,  2017.09.30-0,  2017.05.08-6,  2017.05.08-5,  2017.05.08-4,  2017.05.08-3,  2017.05.08-2,  2017.05.08-1,  2017.05.08-0,  2017.02.15-3,  2017.02.15-2,  2017.02.15-1,  2016.09.23-3,  2016.09.23-2,  2016.09.23-1,  2016.09.23-0,  2015.12.31-5,  2015.12.31-4,  2015.12.31-3,  2015.12.31-2,  2015.12.31-1,  2015.12.31-0,  2015.09.10-2,  2015.09.10-1,  2015.09.10-0,  2014.12.28-6,  2014.12.28-5,  2014.12.23-6,  2014.12.23-5,  2014.12.23-4,  2014.12.23-3,  2014.12.23-2,  2014.12.23-1

Depends:

• bzip2 >=1.0.8,<2.0a0

• libgcc-ng >=12

• libzlib >=1.2.13,<1.3.0a0

• perl

• perl-file-util

Required By:

• fusion-filter

• mintie

• anchorwave

• mimseq

• gmap-fusion

• rnaquast

• star-fusion

• fusion-inspector

• pavfinder

• pasa

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install gmap

and update with:

conda update gmap

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/gmap:<tag>

(see gmap/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/gmap/README.html)