recipe hicexplorer

Set of programs to process, analyze and visualize Hi-C and capture Hi-C data

Homepage

https://github.com/deeptools/HiCExplorer

License

GPL3

Recipe

/hicexplorer/meta.yaml

Links

doi: 10.1093/nar/gky504, doi: 10.1093/nar/gkaa220, usegalaxy-eu: hicexplorer_hicplotviewpoint

package hicexplorer

Versions

3.6-0,  3.5.3-0,  3.5.2-0,  3.5.1-0,  3.5-0,  3.4.3-1,  3.4.3-0,  3.4.2-0,  3.4.1-1, 

3.6-0,  3.5.3-0,  3.5.2-0,  3.5.1-0,  3.5-0,  3.4.3-1,  3.4.3-0,  3.4.2-0,  3.4.1-1,  3.4.1-0,  3.4-0,  3.3.1-0,  3.3-0,  3.2-0,  3.1-0,  3.0.2-0,  3.0.1-0,  2.2.3-0,  2.2.2-0,  2.2.1-0,  2.2-1,  2.2-0,  2.2beta-0,  2.1.4-3,  2.1.4-2,  2.1.3-0,  2.1.2-0,  2.1.1-1,  2.1.1-0,  2.1-0,  2.1alpha1-0,  2.0-1,  2.0-0,  1.8.1-0,  1.8-2,  1.8-1,  1.8-0,  1.7.2-0,  1.7.1-0,  1.6.1-0,  1.6-0,  1.4-0,  1.3-0,  1.2-0,  1.1a-0,  0.1-0

Depends

• biopython <1.77

• cooler >=0.8.10

• fit_nbinom >=1.1

• future

• hic2cool >=0.8.3

• hicmatrix >=15

• hyperopt >=0.2.4

• intervaltree

• ipykernel >=5.3.0

• jinja2

• krbalancing >=0.0.5

• matplotlib-base >=3.1.*

• numpy >=1.19

• pandas >=1.1.*

• psutil

• pybedtools >=0.8

• pybigwig

• pygenometracks >=3.5

• pysam

• pytables

• python >=3.6

• python-graphviz >=0.14

• scikit-learn >=0.23.2

• scipy >=1.5

• tqdm >=4.50

• unidecode

Required By

• hicbrowser

• schicexplorer

Installation

With an activated Bioconda channel (see 2. Set up channels), install with:

conda install hicexplorer

and update with:

conda update hicexplorer

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/hicexplorer:<tag>

(see hicexplorer/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/hicexplorer/README.html)