recipe kma

KMA is mapping a method designed to map raw reads directly against redundant databases, in an ultra-fast manner using seed and extend.

Homepage:

https://bitbucket.org/genomicepidemiology/kma

License:

Apache-2.0

Recipe:

/kma/meta.yaml

Links:

doi: 10.1186/s12859-018-2336-6

package kma

Versions:

1.4.9-2,  1.4.9-1,  1.4.9-0,  1.4.3-1,  1.4.3-0,  1.4.2-0,  1.4.1-0,  1.4.0-1,  1.4.0-0, 

1.4.9-2,  1.4.9-1,  1.4.9-0,  1.4.3-1,  1.4.3-0,  1.4.2-0,  1.4.1-0,  1.4.0-1,  1.4.0-0,  1.3.28-1,  1.3.28-0,  1.3.27-0,  1.3.26-0,  1.3.25-0,  1.3.24-0,  1.3.23-0,  1.3.22-0,  1.3.21-0,  1.3.19-0,  1.3.18-0,  1.3.17-0,  1.3.15-0,  1.3.14-0,  1.3.13-1,  1.3.13-0,  1.3.12-0,  1.3.10-0,  1.3.9-0,  1.3.8-0,  1.3.7-0,  1.3.6-0,  1.3.5-0,  1.3.4-0,  1.3.3-0,  1.3.2-0,  1.3.0-0,  1.2.26-0,  1.2.25-0,  1.2.22-0,  1.2.21-0,  1.2.20-0,  1.2.19-0,  1.2.18-0,  1.2.17-0,  1.2.16-0,  1.2.15-0,  1.2.14-0,  1.2.12-0,  1.2.11-0,  1.2.9-0,  1.2.7-0,  1.2.6-0,  1.2.5-0,  1.2.3-0,  1.2.1-0,  1.2.0-0,  1.1.7-0,  1.0.1-0

Depends:

• libgcc-ng >=12

• libzlib >=1.2.13,<1.3.0a0

• zlib

Required By:

• confindr

• bart

• plasmidfinder

• resfinder

• pmlst

• serotypefinder

• virulencefinder

• salty

• stecfinder

• mydbfinder

• rgi

• pymlst

• kmerfinder

• mlst-cge

• ccmetagen

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install kma

and update with:

conda update kma

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/kma:<tag>

(see kma/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/kma/README.html)