recipe nanopolish

Signal-level algorithms for MinION data.

Homepage:

https://github.com/jts/nanopolish

License:

MIT

Recipe:

/nanopolish/meta.yaml

Links:

usegalaxy-eu: nanopolish_eventalign

package nanopolish

Versions:

0.14.0-3,  0.14.0-2,  0.14.0-1,  0.14.0-0,  0.13.2-10,  0.13.2-9,  0.13.2-8,  0.13.2-7,  0.13.2-6, 

0.14.0-3,  0.14.0-2,  0.14.0-1,  0.14.0-0,  0.13.2-10,  0.13.2-9,  0.13.2-8,  0.13.2-7,  0.13.2-6,  0.13.2-5,  0.13.2-4,  0.13.2-2,  0.13.2-1,  0.13.2-0,  0.13.1-0,  0.13.0-0,  0.12.5-2,  0.12.5-1,  0.12.5-0,  0.12.4-0,  0.12.3-0,  0.12.2-0,  0.12.0-0,  0.11.3-0,  0.11.2-0,  0.11.1-0,  0.11.0-1,  0.11.0-0,  0.10.2-0,  0.10.1-0,  0.9.2-5,  0.9.2-4,  0.9.2-0,  0.9.0-2,  0.9.0-1,  0.9.0-0,  0.8.5-4,  0.8.5-3,  0.8.1-3,  0.7.1-3,  0.7.1-1,  0.7.1-0,  0.7.0-0,  0.6.0-0,  0.6.0.dev-0,  0.4.0-0

Depends:

• _openmp_mutex >=4.5

• biopython

• hdf5 >=1.12.2,<1.12.3.0a0

• htslib >=1.17,<1.18.0a0

• libgcc-ng >=12

• libstdcxx-ng >=12

• libzlib >=1.2.13,<1.3.0a0

• ont_vbz_hdf_plugin

• python

Required By:

• artic

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install nanopolish

and update with:

conda update nanopolish

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/nanopolish:<tag>

(see nanopolish/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/nanopolish/README.html)