recipe picard

Java tools for working with NGS data in the BAM format

Homepage:

http://broadinstitute.github.io/picard/

Developer docs:

https://github.com/broadinstitute/picard

License:

MIT / MIT

Recipe:

/picard/meta.yaml

Links:

usegalaxy-eu: picard_MarkDuplicates

Java tools for working with NGS data in the BAM format. This package depends on 'r-base' because Picard requires R to run some of its metrics commands. The 'picard-slim' package offers an installation of Picard without the 'r-base' dependency.

package picard

Versions:

2.27.5-0,  2.27.4-0,  2.27.3-0,  2.27.2-0,  2.27.1-0,  2.27.0-0,  2.26.11-0,  2.26.10-0,  2.26.9-0, 

2.27.5-0,  2.27.4-0,  2.27.3-0,  2.27.2-0,  2.27.1-0,  2.27.0-0,  2.26.11-0,  2.26.10-0,  2.26.9-0,  2.26.8-0,  2.26.7-0,  2.26.6-0,  2.26.5-0,  2.26.4-0,  2.26.3-0,  2.26.2-0,  2.26.1-0,  2.26.0-0,  2.25.7-0,  2.25.6-0,  2.25.5-0,  2.25.4-0,  2.25.3-0,  2.25.2-0,  2.25.1-1,  2.25.1-0,  2.25.0-1,  2.25.0-0,  2.24.2-0,  2.24.1-0,  2.24.0-0,  2.23.9-0,  2.23.8-0,  2.23.7-0,  2.23.6-0,  2.23.5-0,  2.23.4-0,  2.23.3-0,  2.23.2-0,  2.23.1-0,  2.23.0-0,  2.22.9-0,  2.22.8-0,  2.22.7-0,  2.22.6-0,  2.22.5-0,  2.22.4-0,  2.22.3-0,  2.22.2-0,  2.22.1-0,  2.22.0-0,  2.21.9-0,  2.21.8-0,  2.21.7-0,  2.21.6-0,  2.21.5-0,  2.21.4-0,  2.21.3-0,  2.21.2-1,  2.21.2-0,  2.21.1-0,  2.20.8-0,  2.20.7-0,  2.20.6-0,  2.20.5-0,  2.20.4-1,  2.20.4-0,  2.20.3-0,  2.20.2-0,  2.20.1-0,  2.20.0-0,  2.19.2-0,  2.19.1-0,  2.19.0-0,  2.18.29-0,  2.18.27-0,  2.18.26-0,  2.18.25-0,  2.18.23-0,  2.18.22-0,  2.18.21-0,  2.18.20-0,  2.18.17-0,  2.18.16-0,  2.18.15-0,  2.18.14-0,  2.18.13-0,  2.18.12-0,  2.18.11-0,  2.18.10-0,  2.18.9-0,  2.18.7-2,  2.18.7-0,  2.18.6-0,  2.18.5-0,  2.18.4-0,  2.18.3-0,  2.18.2-0,  2.18.1-0,  2.18.0-0,  2.17.11-0,  2.17.10-0,  2.17.8-0,  2.17.6-0,  2.17.5-0,  2.17.4-0,  2.17.3-0,  2.17.2-0,  2.17.0-0,  2.16.0-0,  2.15.0-0,  2.14.1-0,  2.14-0,  2.13-1,  2.13-0,  2.11.0-0,  2.10.6-0,  2.9.2-2,  2.9.2-1,  2.9.2-0,  2.9.0-0,  2.7.1-2,  2.7.1-1,  2.7.1-0,  2.5.0-2,  2.5.0-1,  2.5.0-0,  2.3.0-0,  2.0.1-1,  2.0.1-0,  1.141-6,  1.141-5,  1.141-4,  1.141-3,  1.141-1,  1.141-0,  1.139-0,  1.126-5,  1.126-4,  1.126-3,  1.126-2,  1.97-0,  1.56-1,  1.56-0

Depends:

• openjdk >=8

• r-base

Required By:

• methylpy

• uvp

• cap-mirseq

• pseudo-it

• mtbseq

• fusioncatcher

• phenix

• hatchet

• ctat-mutations

• lohhla

• hla-la

• vsnp

• panpasco

• minute

• lrtk

• shiver

• batvi

• haphpipe

• wgfast

• phyluce

• ssdrippipeline

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install picard

and update with:

conda update picard

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/picard:<tag>

(see picard/tags for valid values for <tag>)

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