recipe pysam

Pysam is a Python module for reading and manipulating SAM/BAM/VCF/BCF files. It's a lightweight wrapper of the htslib C-API, the same one that powers samtools, bcftools, and tabix.

Homepage

https://github.com/pysam-developers/pysam

License

MIT

Recipe

/pysam/meta.yaml

Links

biotools: pysam, doi: 10.1093/bioinformatics/btp352

package pysam

(downloads) docker_pysam

Versions
0.16.0.1-3,  0.16.0.1-2,  0.16.0.1-1,  0.16.0.1-0,  0.16.0-1,  0.16.0-0,  0.15.4-1,  0.15.4-0,  0.15.3-3, 

0.16.0.1-3,  0.16.0.1-2,  0.16.0.1-1,  0.16.0.1-0,  0.16.0-1,  0.16.0-0,  0.15.4-1,  0.15.4-0,  0.15.3-3,  0.15.3-1,  0.15.3-0,  0.15.2-7,  0.15.2-6,  0.15.2-5,  0.15.2-4,  0.15.2-3,  0.15.2-2,  0.15.2-1,  0.15.2-0,  0.15.1-0,  0.15.0.1-1,  0.15.0.1-0,  0.15.0-0,  0.14.1-1,  0.14.1-0,  0.14.0-2,  0.14.0-1,  0.14.0-0,  0.13.0-0,  0.12.0.1-2,  0.12.0.1-1,  0.12.0.1-0,  0.11.2.2-2,  0.11.2.2-1,  0.11.2.2-0,  0.11.2.1-0,  0.11.1-0,  0.11.0-0,  0.10.0-12,  0.10.0-11,  0.10.0-10,  0.10.0-9,  0.10.0-8,  0.10.0-7,  0.10.0-6,  0.10.0-5,  0.10.0-4,  0.10.0-3,  0.10.0-1,  0.9.1.4-1,  0.9.1.4-0,  0.9.1-11,  0.9.1-10,  0.9.1-9,  0.9.1-8,  0.9.1-7,  0.9.1-6,  0.9.1-5,  0.9.1-4,  0.9.1-3,  0.9.1-2,  0.9.1-1,  0.9.1-0,  0.9.0-2,  0.9.0-1,  0.9.0-0,  0.8.4-0,  0.8.4pre0-0,  0.8.3-8,  0.8.3-7,  0.8.3-6,  0.8.3-5,  0.8.3-4,  0.8.3-3,  0.8.3-2,  0.8.3-1,  0.8.3-0,  0.7.7-5,  0.7.7-4,  0.7.7-3,  0.7.7-2,  0.7.7-1,  0.7.7-0

Depends
Required By

Installation

With an activated Bioconda channel (see 2. Set up channels), install with:

conda install pysam

and update with:

conda update pysam

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/pysam:<tag>

(see pysam/tags for valid values for <tag>)

Link to this page

Render an install-with-bioconda badge with the following MarkDown:

[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/pysam/README.html)