recipe sourmash

Compute and compare MinHash signatures for DNA data sets.

Homepage:

https://github.com/dib-lab/sourmash

Documentation:

https://sourmash.readthedocs.io/

License:

BSD / BSD-3-Clause

Recipe:

/sourmash/meta.yaml

Links:

biotools: sourmash, doi: 10.21105/joss.00027, doi: 10.12688/f1000research.19675.1

package sourmash

Versions:

4.8.2-0,  4.8.1-0,  4.8.0-0,  4.6.1-0,  4.6.0-0,  4.5.0-0,  4.4.3-0,  4.4.2-0,  4.4.1-0, 

4.8.2-0,  4.8.1-0,  4.8.0-0,  4.6.1-0,  4.6.0-0,  4.5.0-0,  4.4.3-0,  4.4.2-0,  4.4.1-0,  4.4.0-0,  4.3.0-1,  4.3.0-0,  4.2.4-0,  4.2.3-0,  4.2.2-0,  4.2.1-0,  4.2.0-0,  4.1.2-0,  4.1.1-0,  4.1.0-0,  4.0.0-2,  4.0.0-1,  4.0.0-0,  3.5.1-0,  3.5.0-0,  3.4.1-0,  3.4.0-0,  3.3.1-0,  3.3.0-1,  3.3.0-0,  3.2.3-0,  3.2.2-1,  3.2.2-0,  3.2.1-1,  3.2.1-0,  3.2.0-0,  3.1.0-0,  3.0.1-0,  3.0.0-0,  2.3.1-0,  2.3.0-0,  2.2.0-1,  2.2.0-0,  2.1.0-0,  2.0.1-0,  2.0.0-1,  2.0.0-0,  2.0.0a11-0,  2.0.0a10-0,  2.0.0a9-0,  2.0.0a8-2,  2.0.0a8-1,  2.0.0a8-0,  2.0.0a7-0,  2.0.0a6-0,  2.0.0a5-0,  2.0.0a4-0,  2.0.0a3-0,  2.0.0a2-0,  2.0.0a1-3,  2.0.0a1-2,  2.0.0a1-1,  2.0.0a1-0,  1.0-0

Depends:

• python

• sourmash-minimal 4.8.2.*

Required By:

• genomics-data-index

• mashpit

• bactopia-sketcher

• vsnp3

• saspector

• goetia

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install sourmash

and update with:

conda update sourmash

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/sourmash:<tag>

(see sourmash/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/sourmash/README.html)