recipe stacks

Stacks is a software pipeline for building loci from RAD-seq

Homepage

http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/

License

GPL

Recipe

/stacks/meta.yaml

Links

biotools: Stacks, doi: 10.1111/mec.12354

package stacks

Versions

2.55-1,  2.55-0,  2.53-1,  2.53-0,  2.52-0,  2.5-0,  2.4-1,  2.4-0,  2.3-5, 

2.55-1,  2.55-0,  2.53-1,  2.53-0,  2.52-0,  2.5-0,  2.4-1,  2.4-0,  2.3-5,  2.3-4,  2.3-3,  2.3d-1,  2.3d-0,  2.3c-2,  2.3c-1,  2.3c-0,  2.3b-2,  2.3b-1,  2.3b-0,  2.2-5,  2.2-4,  2.2-3,  2.2-2,  2.2-1,  2.2-0,  2.1-4,  2.1-3,  2.1-2,  2.1-1,  2.0-3,  2.0-2,  2.0-1,  2.0-0,  2.0Beta10a-0,  2.0Beta9-0,  2.0Beta8-1,  2.0Beta8-0,  2.0Beta8c-1,  2.0Beta8c-0,  2.0Beta7c-0,  1.47-2,  1.47-1,  1.47-0,  1.46-3,  1.46-2,  1.46-1,  1.46-0,  1.44-3,  1.44-2,  1.44-1,  1.44-0,  1.43-2,  1.43-1,  1.43-0,  1.42-5,  1.42-4,  1.42-3,  1.42-2,  1.42-1,  1.40-3,  1.40-2,  1.40-1,  1.40-0,  1.37-4,  1.37-3,  1.37-2,  1.37-1,  1.37-0

Depends

• libgcc-ng >=9.3.0

• libstdcxx-ng >=9.3.0

• openmp

• perl

• perl-bioperl-core

• perl-file-spec

• perl-file-temp

• perl-posix

• python >=3

• samtools

• velvet

• zlib >=1.2.11,<1.3.0a0

Required By

Installation

With an activated Bioconda channel (see 2. Set up channels), install with:

conda install stacks

and update with:

conda update stacks

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/stacks:<tag>

(see stacks/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/stacks/README.html)