recipe varlociraptor

Flexible, uncertainty-aware variant calling with parameter free filtration via FDR control.

Homepage:

https://varlociraptor.github.io

License:

GPL / GPLv3

Recipe:

/varlociraptor/meta.yaml

package varlociraptor

Versions:

8.1.1-2,  8.1.1-0,  8.1.0-2,  8.1.0-1,  8.1.0-0,  8.0.0-0,  7.0.0-0,  6.0.0-0,  5.10.0-0, 

8.1.1-2,  8.1.1-0,  8.1.0-2,  8.1.0-1,  8.1.0-0,  8.0.0-0,  7.0.0-0,  6.0.0-0,  5.10.0-0,  5.9.1-0,  5.9.0-0,  5.8.0-0,  5.7.0-0,  5.6.2-0,  5.6.1-0,  5.6.0-0,  5.5.0-0,  5.4.1-0,  5.4.0-0,  5.3.3-0,  5.3.1-1,  5.3.1-0,  5.3.0-2,  5.3.0-1,  5.3.0-0,  5.2.0-0,  5.1.0-0,  5.0.3-0,  5.0.2-0,  5.0.1-0,  5.0.0-0,  4.12.0-0,  4.11.4-0,  4.11.3-1,  4.11.3-0,  4.11.2-1,  4.11.2-0,  4.11.1-1,  4.11.1-0,  4.11.0-0,  4.10.1-0,  4.9.0-0,  4.8.1-0,  4.8.0-0,  4.7.0-0,  4.6.0-0,  4.5.0-0,  4.4.3-0,  4.4.2-1,  4.4.2-0,  4.4.1-0,  4.4.0-0,  4.3.0-0,  4.1.3-0,  4.1.2-0,  4.1.1-0,  4.1.0-0,  4.0.1-0,  3.5.0-0,  3.4.0-0,  3.3.1-0,  3.3.0-0,  3.2.0-0,  3.1.0-0,  3.0.1-0,  3.0.0-0,  2.6.5-1,  2.6.5-0,  2.6.4-0,  2.6.1-0,  2.6.0-0,  2.5.4-0,  2.5.3-0,  2.5.1-0,  2.5.0-0,  2.4.0-0,  2.3.0-0,  2.2.1-2,  2.2.1-1,  2.2.1-0,  2.2.0-0,  2.1.0-0,  2.0.1-0,  2.0.0-0,  1.8.0-0,  1.7.2-0,  1.7.1-0,  1.6.4-0,  1.6.3-0,  1.6.1-0,  1.6.0-0,  1.5.0-0,  1.4.4-0,  1.4.3-0,  1.4.2-0,  1.4.1-0,  1.4.0-0,  1.3.1-0,  1.3.0-0,  1.2.1-0,  1.2.0-0,  1.1.1-1,  1.1.1-0,  1.1.0-0,  1.0.1-0

Depends:

• blis

• bzip2 >=1.0.8,<2.0a0

• gsl >=2.7,<2.8.0a0

• libcblas >=3.9.0,<4.0a0

• libgcc-ng >=12

• libstdcxx-ng >=12

• libzlib >=1.2.13,<1.3.0a0

• openssl >=3.1.1,<4.0a0

• xz >=5.2.6,<6.0a0

Required By:

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install varlociraptor

and update with:

conda update varlociraptor

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/varlociraptor:<tag>

(see varlociraptor/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/varlociraptor/README.html)