recipe freebayes

Bayesian haplotype-based polymorphism discovery and genotyping

Homepage:

https://github.com/ekg/freebayes

License:

MIT / MIT

Recipe:

/freebayes/meta.yaml

Links:

biotools: freebayes

package freebayes

Versions:

1.3.6-4,  1.3.6-3,  1.3.6-2,  1.3.6-1,  1.3.6-0,  1.3.5-4,  1.3.5-3,  1.3.5-2,  1.3.5-1, 

1.3.6-4,  1.3.6-3,  1.3.6-2,  1.3.6-1,  1.3.6-0,  1.3.5-4,  1.3.5-3,  1.3.5-2,  1.3.5-1,  1.3.5-0,  1.3.4-0,  1.3.2-2,  1.3.2-1,  1.3.2-0,  1.3.1-0,  1.2.0-4,  1.2.0-3,  1.2.0-2,  1.2.0-0,  1.1.0.46-5,  1.1.0.46-4,  1.1.0.46-3,  1.1.0.46-2,  1.1.0.46-1,  1.1.0.46-0,  1.1.0-3,  1.1.0-2,  1.1.0-1,  1.1.0-0,  1.0.2.29-2,  1.0.2.29-1,  1.0.2.29-0,  1.0.2-0,  1.0.1-0,  0.9.21.26-0,  0.9.21.7-0

Depends:

• bzip2 >=1.0.8,<2.0a0

• htslib >=1.17,<1.18.0a0

• libgcc-ng >=12

• libstdcxx-ng >=12

• parallel

• samtools

• tabixpp

• vcflib

Required By:

• snippy

• vsnp3

• ssuissero

• lrtk

• viralflye

• haphpipe

• ddocent

• vsnp

• pathogen-profiler

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install freebayes

and update with:

conda update freebayes

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/freebayes:<tag>

(see freebayes/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/freebayes/README.html)