recipe htslib

C library for high-throughput sequencing data formats.

Homepage:

https://github.com/samtools/htslib

License:

MIT

Recipe:

/htslib/meta.yaml

Links:

biotools: HTSlib

package htslib

Versions:

1.17-0,  1.16-0,  1.15.1-1,  1.15.1-0,  1.15-0,  1.14-2,  1.14-1,  1.14-0,  1.13-0, 

1.17-0,  1.16-0,  1.15.1-1,  1.15.1-0,  1.15-0,  1.14-2,  1.14-1,  1.14-0,  1.13-0,  1.12-1,  1.12-0,  1.11-2,  1.11-1,  1.11-0,  1.10.2-1,  1.10.2-0,  1.10.1-0,  1.10-1,  1.10-0,  1.9-9,  1.9-8,  1.9-7,  1.9-6,  1.9-5,  1.9-4,  1.9-3,  1.9-2,  1.9-1,  1.9-0,  1.8-2,  1.8-1,  1.8-0,  1.7-0,  1.6-0,  1.5-0,  1.4.1-0,  1.4-0,  1.3.2-0,  1.3.1-5,  1.3.1-4,  1.3.1-3,  1.3.1-2,  1.3.1-1,  1.3.1-0,  1.3-1,  1.3-0,  1.2.1-0,  1.1-3,  1.1-2,  1.1-1,  1.1-0

Depends:

• bzip2 >=1.0.8,<2.0a0

• libcurl >=7.87.0,<8.0a0

• libdeflate >=1.13,<1.14.0a0

• libgcc-ng >=12

• libzlib >=1.2.13,<1.3.0a0

• openssl >=1.1.1t,<1.1.2a

• xz >=5.2.6,<5.3.0a0

• zlib >=1.2.13,<1.3.0a0

Required By:

• nanomonsv

• nim-falcon

• sgcocaller

• segemehl

• nimnexus

• moss

• gqt

• bolt

• tabix

• artic

• metasnv

• athena_meta

• hapcut2

• hmnrandomread

• leviosam

• mosdepth

• pb-falconc

• cnv_facets

• minvar

• fqtools

• xatlas

• leehom

• augustus

• drop

• cyvcf2

• rnabridge-align

• ataqv

• galaxy-ml

• pb-falcon

• libgab

• nopilesum

• ngs-bits

• expansionhunter

• falco

• cnvnator

• vcf2maf

• advntr

• shorah

• pheniqs

• popscle

• pb-falcon-phase

• coral

• cancerit-allelecount

• genomics-data-index

• biotradis

• connor

• mosaicatcher

• lorax

• coolbox

• extract-sv-reads

• fusion-inspector

• vt

• pairix

• nucleoatac

• lofreq

• telescope

• arriba

• artic-tools

• megadepth

• plastid

• gembs

• paragraph

• gvcf2coverage

• quatradis

• malva

• surpyvor

• crispritz

• leviosam2

• ryuto

• safesim

• hts-nim-tools

• perl-bio-db-hts

• svdss

• rsidx

• deepvariant

• wfmash

• wub

• chips

• epic2

• bcftools

• hapog

• bamm

• pgcgap

• scramble

• rsem

• stringtie

• delly

• bcftools-gtc2vcf-plugin

• dysgu

• denovogear

• cgpbigwig

• bleties

• msisensor-pro

• shapeit4

• bamcmp

• superstr

• pfp

• sansa

• tracy

• virmet

• gangstr

• smoove

• linkstats

• imfusion

• wally

• gw

• metabat2

• qtlseq

• r-stitch

• dicey

• bcbio-nextgen

• medaka

• whatshap

• freebayes

• star-fusion

• popdel

• snp-pileup

• metagraph

• grafimo

• pbbam

• pbipa

• addrg

• tabixpp

• pbwt

• lra

• alignstats

• dnmtools

• demuxlet

• lumpy-sv

• lorikeet-genome

• crumble

• r-quilt

• genomepy

• expansionhunterdenovo

• aletsch

• mupbwt

• octopus

• annotwg

• strling

• ngslca

• ensembl-vep

• strainflye

• r-sew

• bamscale

• gencore

• pindel

• sensv

• hap.py

• vcflib

• verifybamid2

• gap2seq

• ggd

• duphold

• cgat-apps

• platypus-variant

• alfred

• perl-vcftools-vcf

• samtools

• sscocaller

• methyldackel

• jbrowse2

• hint

• insurveyor

• parascopy

• circle-map-cpp

• glimpse-bio

• lumpy-sv-minimal

• sequenza-utils

• genomestrip

• scallop2

• ivar

• scallop-lr

• nanopolish

• pairtools

• bamtocov

• wiggletools

• conduit-assembler

• hypo

• trinity

• somalier

• longgf

• mutmap

• consplice

• hera

• gridss

• cellsnp-lite

• preseq

• angsd

• callstate

• gnali

• cvlr

• scallop

• methpipe

• libshorah

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install htslib

and update with:

conda update htslib

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/htslib:<tag>

(see htslib/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/htslib/README.html)