recipe bedtools

A powerful toolset for genome arithmetic

Homepage:

http://bedtools.readthedocs.org/

License:

MIT

Recipe:

/bedtools/meta.yaml

Links:

biotools: bedtools, usegalaxy-eu: bedtools_intersectbed

package bedtools

Versions:

2.30.0-3,  2.30.0-2,  2.30.0-1,  2.30.0-0,  2.29.2-0,  2.29.1-1,  2.29.1-0,  2.29.0-3,  2.29.0-2, 

2.30.0-3,  2.30.0-2,  2.30.0-1,  2.30.0-0,  2.29.2-0,  2.29.1-1,  2.29.1-0,  2.29.0-3,  2.29.0-2,  2.29.0-1,  2.29.0-0,  2.28.0-0,  2.27.1-6,  2.27.1-5,  2.27.1-4,  2.27.1-3,  2.27.1-2,  2.27.1-1,  2.27.1-0,  2.27.0-4,  2.27.0-3,  2.27.0-2,  2.27.0-1,  2.27.0-0,  2.26.0-0,  2.26.0gx-4,  2.26.0gx-3,  2.26.0gx-2,  2.26.0gx-1,  2.26.0gx-0,  2.25.0-5,  2.25.0-4,  2.25.0-3,  2.25.0-2,  2.25.0-1,  2.25.0-0,  2.24.0-0,  2.23.0-6,  2.23.0-5,  2.23.0-4,  2.23.0-3,  2.23.0-2,  2.23.0-1,  2.23.0-0,  2.22-6,  2.22-5,  2.22-4,  2.22-3,  2.22-2,  2.22-1,  2.22-0,  2.20.1-2,  2.20.1-1,  2.20.1-0,  2.19.1-2,  2.19.1-1,  2.19.1-0,  2.17.0-0,  2.16.2-1,  2.16.2-0

Depends:

• bzip2 >=1.0.8,<2.0a0

• libgcc-ng >=10.3.0

• libstdcxx-ng >=10.3.0

• libzlib >=1.2.11,<1.3.0a0

• xz >=5.2.5,<5.3.0a0

• zlib >=1.2.11,<1.3.0a0

Required By:

• nanomonsv

• pybedtools

• sv2

• hiddendomains

• behst

• smeg

• tecount

• ismapper

• icount

• repenrich

• pureclip

• valet

• misopy

• minvar

• ngseqbasic

• purge_haplotigs

• capcruncher

• stoatydive

• probeit

• pypints

• clipcontext

• tepid

• irescue

• haystack_bio

• relocate2

• seqsero2

• autometa

• telr

• svanalyzer

• pyroe

• shortstack

• pomoxis

• hamip

• pydnase

• bioconvert

• clever-toolkit

• genomics-data-index

• targqc

• epic

• rmats2sashimiplot

• sshmm

• smcounter2

• brockman-pipeline

• pygtftk

• roary

• diego

• mhg

• merqury

• libis

• clearcnv

• itero

• ddocent

• stare-abc

• crispritz

• smartmap

• somaticseq

• metaseq-all

• xyalign

• ntjoin

• dirseq

• hubward-all

• lohhla

• plasmidid

• phyloflash

• mirmachine

• panpasco

• oncocnv

• metilene

• cmsip

• barrnap

• megapath

• stringmlst

• semibin

• ericscript

• ultraheatmap

• ribotaper

• dvorfs

• harvest-variants

• chira

• cherri

• mimseq

• gs-tama

• r-bedtoolsr

• slncky

• deepaccess

• nanovar

• metagem

• pseudo-it

• flair

• hydra-multi

• icount-mini

• rnaprot

• quast

• pb-assembly

• negative_training_sampler

• ssdrippipeline

• ccsmeth

• variantbreak

• srnapipe

• funannotate

• bctools

• mintie

• grid

• quantpi

• rkp

• minute

• deepac

• yamda

• footprint

• cgat-scripts

• peakhood

• phastaf

• pyseer

• batvi

• cgat-apps

• uvp

• rgi

• cytocad

• rsat-core

• cap-mirseq

• ngs_te_mapper2

• rapid

• squire

• clippy

• intervene

• circle-map-cpp

• sneep

• hitea

• ipyrad

• perl-bio-viennangs

• ccne

• galru

• pathogen-profiler

• transcriptm

• riboplot

• genomedata

• brass

• daisysuite

• arcas-hla

• snippy

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install bedtools

and update with:

conda update bedtools

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/bedtools:<tag>

(see bedtools/tags for valid values for <tag>)

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