recipe bowtie2

Fast and sensitive gapped read alignment

Homepage

http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml

License

GPL-3.0-only

Recipe

/bowtie2/meta.yaml

Links

biotools: bowtie2, doi: 10.1038/nmeth.1923, debian: bowtie2, usegalaxy-eu: bowtie2

package bowtie2

(downloads) docker_bowtie2

Versions
2.4.2-1,  2.4.2-0,  2.4.1-3,  2.4.1-2,  2.4.1-1,  2.4.1-0,  2.3.5.1-0,  2.3.5-0,  2.3.4.3-1, 

2.4.2-1,  2.4.2-0,  2.4.1-3,  2.4.1-2,  2.4.1-1,  2.4.1-0,  2.3.5.1-0,  2.3.5-0,  2.3.4.3-1,  2.3.4.3-0,  2.3.4.2-0,  2.3.4.1-1,  2.3.4.1-0,  2.3.4-0,  2.3.3.1-0,  2.3.2-1,  2.3.0-1,  2.3.0-0,  2.2.8-2,  2.2.8-1,  2.2.8-0,  2.2.7-1,  2.2.7-0,  2.2.6-0,  2.2.5-7,  2.2.5-6,  2.2.5-5,  2.2.5-4,  2.2.5-3,  2.2.5-2,  2.2.5-1,  2.2.4-7,  2.2.4-6,  2.2.4-5,  2.2.4-4,  2.2.4-3,  2.2.4-2,  2.2.4-1,  2.2.4-0,  2.2.1-4,  2.2.1-3,  2.2.1-2,  2.2.1-1,  2.2.1-0

Depends
Required By

Installation

With an activated Bioconda channel (see 2. Set up channels), install with:

conda install bowtie2

and update with:

conda update bowtie2

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/bowtie2:<tag>

(see bowtie2/tags for valid values for <tag>)

Link to this page

Render an install-with-bioconda badge with the following MarkDown:

[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/bowtie2/README.html)