recipe bowtie2

Fast and sensitive gapped read alignment

Homepage

http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml

License

GPL-3.0-only

Recipe

/bowtie2/meta.yaml

Links

biotools: bowtie2, doi: 10.1038/nmeth.1923, debian: bowtie2, usegalaxy-eu: bowtie2

package bowtie2

Versions

2.4.4-0,  2.4.3-0,  2.4.2-2,  2.4.2-1,  2.4.2-0,  2.4.1-3,  2.4.1-2,  2.4.1-1,  2.4.1-0, 

2.4.4-0,  2.4.3-0,  2.4.2-2,  2.4.2-1,  2.4.2-0,  2.4.1-3,  2.4.1-2,  2.4.1-1,  2.4.1-0,  2.3.5.1-0,  2.3.5-0,  2.3.4.3-1,  2.3.4.3-0,  2.3.4.2-0,  2.3.4.1-1,  2.3.4.1-0,  2.3.4-0,  2.3.3.1-0,  2.3.2-1,  2.3.0-1,  2.3.0-0,  2.2.8-2,  2.2.8-1,  2.2.8-0,  2.2.7-1,  2.2.7-0,  2.2.6-0,  2.2.5-8,  2.2.5-7,  2.2.5-6,  2.2.5-5,  2.2.5-4,  2.2.5-3,  2.2.5-2,  2.2.5-1,  2.2.4-8,  2.2.4-7,  2.2.4-6,  2.2.4-5,  2.2.4-4,  2.2.4-3,  2.2.4-2,  2.2.4-1,  2.2.4-0,  2.2.1-5,  2.2.1-4,  2.2.1-3,  2.2.1-2,  2.2.1-1,  2.2.1-0

Depends

• libgcc-ng >=9.3.0

• libstdcxx-ng >=9.3.0

• perl

• python >=3.6,<3.7.0a0

• python_abi 3.6.* *_cp36m

• tbb >=2020.2,<2021.0.0a0

• zlib >=1.2.11,<1.3.0a0

• zstd >=1.4.9,<1.5.0a0

Required By

• lap

• siann

• fusioncatcher

• humann

• mitgard

• methylpy

• smeg

• seroba

• damidseq_pipeline

• quasitools

• conduit-assembler

• breseq

• rkp

• transposcope

• crispresso

• pathogen-profiler

• maxbin2

• jaffa

• valet

• srst2

• crispresso2

• pauda

• guessmylt

• micall-lite

• mosca

• unicycler

• meta-sparse

• midas

• aquila_umap

• tepid

• bactopia

• bioconductor-chimeraviz

• rop

• panphlan

• brockman-pipeline

• ectyper

• getorganelle

• mirdeep-p2

• trinity

• datma

• komb

• optimir

• squeegee

• qcumber

• haystac

• lsc

• metawrap

• shapemapper

• smartmap

• fastq-screen

• seqscreen

• tophat

• gmcloser

• phenix

• anvio

• intemap

• graph2pro-var

• hicup

• metaphlan

• bs-seeker2

• phame

• tb-profiler

• covid-spike-classification

• pneumocat

• haphpipe

• ariba

• relocate2

• rgi

• rapid

• ngseqbasic

• basic

• pathoscope

• hicstuff

• plasmidid

• bismark

• grid

• kneaddata

• gmap-fusion

Installation

With an activated Bioconda channel (see 2. Set up channels), install with:

conda install bowtie2

and update with:

conda update bowtie2

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/bowtie2:<tag>

(see bowtie2/tags for valid values for <tag>)

Link to this page

Render an badge with the following MarkDown:

[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/bowtie2/README.html)