recipe pybedtools

Wraps BEDTools for use in Python and adds many additional features.

Homepage:

https://github.com/daler/pybedtools

License:

MIT

Recipe:

/pybedtools/meta.yaml

Links:

biotools: pybedtools

package pybedtools

Versions:

0.9.0-2,  0.9.0-1,  0.9.0-0,  0.8.2-1,  0.8.2-0,  0.8.1-3,  0.8.1-2,  0.8.1-1,  0.8.1-0, 

0.9.0-2,  0.9.0-1,  0.9.0-0,  0.8.2-1,  0.8.2-0,  0.8.1-3,  0.8.1-2,  0.8.1-1,  0.8.1-0,  0.8.0-1,  0.8.0-0,  0.7.10-3,  0.7.10-2,  0.7.10-1,  0.7.10-0,  0.7.9-0,  0.7.8-1,  0.7.7-1,  0.7.6-1,  0.7.5-0,  0.7.4-0,  0.7.2-1,  0.7.0-1,  0.6.9-6,  0.6.9-5,  0.6.9-4,  0.6.9-3,  0.6.9-2,  0.6.9-1,  0.6.9-0

Depends:

• bedtools

• libgcc-ng >=12

• libstdcxx-ng >=12

• libzlib >=1.2.13,<1.3.0a0

• pandas

• pysam >=0.16

• python >=3.10,<3.11.0a0

• python_abi 3.10.* *_cp310

• six

Required By:

• bcbio-nextgen

• slamdunk

• hubward

• seqcluster

• circexplorer2

• capcruncher

• tmb

• chorus2

• svtk

• isoquant

• nanosim

• oncogemini

• sv2

• genomics-data-index

• seqchromloader

• circtools

• simba

• negative_training_sampler

• kipoi_veff

• biofluff

• pavfinder

• targqc

• metaseq

• clippy

• peka

• pypgatk

• gemini

• tobias

• ldsc

• ananse

• visor

• pygtftk

• lyner

• ifcnv

• pyseer

• mirtop

• dastk

• liquorice

• vafator

• cgat-apps

• hicexplorer

• novasplice

• xyalign

• segzoo

• tepid

• ngs-smap

• magphi

• cgat-scripts

• flair

• alfa

• genomic_regions

• mintie

• savana

• moca

• tigmint

• guidemaker

• icount

• outrigger

• bctools

• trtools

• scglue

• mimseq

• eden

• icount-mini

• svist4get

• behst

• edd

• circle-map

• ultraheatmap

• riboraptor

• intervene

• talon

• genomelake

• nanovar

• pypints

• ccsmeth

• pydnase

• gimmemotifs-minimal

• metasv

• eagle

• ntjoin

• fanc

• snaptools

• variantbreak

• hap.py

• cytocad

• straglr

• motifraptor

• pygenometracks

• deepac

• basenji

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install pybedtools

and update with:

conda update pybedtools

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/pybedtools:<tag>

(see pybedtools/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/pybedtools/README.html)