recipe samtools

Tools for dealing with SAM, BAM and CRAM files

Homepage:

https://github.com/samtools/samtools

License:

MIT

Recipe:

/samtools/meta.yaml

Links:

biotools: samtools, usegalaxy-eu: samtools_flagstat

package samtools

Versions:

1.17-1,  1.17-0,  1.16.1-2,  1.16.1-1,  1.16.1-0,  1.15.1-1,  1.15.1-0,  1.15-1,  1.15-0, 

1.17-1,  1.17-0,  1.16.1-2,  1.16.1-1,  1.16.1-0,  1.15.1-1,  1.15.1-0,  1.15-1,  1.15-0,  1.14-0,  1.13-0,  1.12-1,  1.12-0,  1.11-0,  1.10-3,  1.10-2,  1.10-1,  1.10-0,  1.9-12,  1.9-11,  1.9-10,  1.9-9,  1.9-8,  1.9-7,  1.9-6,  1.9-5,  1.9-4,  1.9-3,  1.9-2,  1.9-1,  1.9-0,  1.8-5,  1.8-4,  1.8-3,  1.8-2,  1.7-2,  1.7-1,  1.7-0,  1.6-10,  1.6-9,  1.6-8,  1.6-7,  1.6-6,  1.6-5,  1.6-4,  1.6-3,  1.6-2,  1.6-1,  1.6-0,  1.5-2,  1.5-1,  1.5-0,  1.4.1-0,  1.4-0,  1.3.1-11,  1.3.1-10,  1.3.1-9,  1.3.1-8,  1.3.1-7,  1.3.1-6,  1.3.1-5,  1.3.1-4,  1.3.1-3,  1.3.1-2,  1.3.1-1,  1.3.1-0,  1.3-8,  1.3-7,  1.3-6,  1.3-5,  1.3-4,  1.3-3,  1.3-2,  1.3-1,  1.3-0,  1.2-2,  1.2-1,  1.2-0,  1.2.rglab-1,  1.2.rglab-0,  1.1-8,  1.1-7,  1.1-6,  1.1-5,  1.1-4,  1.1-3,  1.1-1,  1.1-0,  1.0-2,  1.0-1,  1.0-0,  0.1.19-11,  0.1.19-10,  0.1.19-9,  0.1.19-8,  0.1.19-7,  0.1.19-6,  0.1.19-5,  0.1.19-4,  0.1.19-3,  0.1.19-2,  0.1.19-1,  0.1.19-0,  0.1.18-13,  0.1.18-12,  0.1.18-11,  0.1.18-10,  0.1.18-0,  0.1.17-0,  0.1.16-0,  0.1.15-1,  0.1.15-0,  0.1.14-2,  0.1.14-1,  0.1.14-0,  0.1.13-2,  0.1.13-1,  0.1.13-0,  0.1.12-3,  0.1.12-2,  0.1.12-1,  0.1.12-0

Depends:

• htslib >=1.17,<1.18.0a0

• libgcc-ng >=12

• libzlib >=1.2.13,<1.3.0a0

• ncurses >=6.3,<7.0a0

• zlib

Required By:

• genomestrip

• lofreq

• trnanalysis

• pydnase

• rsem

• nanovar

• phame

• ccne

• isoquant

• purge_haplotigs

• srnapipe

• minys

• tabixpp

• rmats2sashimiplot

• metasnv

• daisysuite

• haphpipe

• mvirs

• arcas-hla

• cellsnake

• trinity

• plassembler

• vsnp3

• mutmap

• chira

• squire

• mintie

• relocate2

• hitea

• bioconvert

• diego

• chisel

• hafez

• longstitch

• megapath

• aquilasv

• screadcounts

• biotradis

• portcullis

• popera

• vcfkit

• cnv_facets

• tritimap

• sensv

• authentict

• pipmir

• quantpi

• ntjoin

• ngseqbasic

• dipcall

• nanocaller

• dragonflye

• metaclock

• smeg

• ddocent

• scapp

• snippy

• secapr

• cartools

• ngs_te_mapper2

• bedops

• pasa

• clair3-trio

• ngs-chew

• transcomb

• eklipse

• cap-mirseq

• metabinner

• snpsplit

• asgal

• pbalign

• lohhla

• freyja

• qcumber

• rgi

• ariba

• etoki

• anvio

• aquila

• crisprlungo

• sccaller

• slamdunk

• mtsv

• viralflye

• ivar

• dirseq

• ngless

• pb-assembly

• bioconductor-seqcna

• metapop

• crispresso2

• clearcnv

• rmetl

• milonga

• clair

• detonate

• braker2

• rapid

• rucs

• pmdtools

• cdna_cupcake

• makehub

• tecount

• tadbit

• tetyper

• minvar

• hilinetojuicer

• soapdenovo2

• irissv

• meta-sparse

• vrhyme

• connor

• coolbox

• metamlst

• mars

• transposcope

• arriba

• ectyper

• metawatt

• mirmachine

• bwameth

• mockinbird

• ribotaper

• freebayes

• fusion-filter

• samestr

• nextpolish

• deepaclive

• gembs

• pathogen-profiler

• duplomap

• athena_meta

• rnftools

• clever-toolkit

• massiveqc

• gff3toddbj

• ctat-mutations

• transabyss

• fastq_utils

• r-stitch

• braker3

• pomoxis

• hicup

• mtbseq

• scalpel

• nudup

• virmet

• footprint

• funannotate

• lukasa

• methylpy

• pneumocat

• inspector

• svanalyzer

• autometa

• genotyphi

• qtlseq

• svdss

• goleft

• perl-retroseq

• metaplex

• panpasco

• spanki

• gnali

• rilseq

• metagem

• debreak

• efishent

• mir-prefer

• tigmint

• phyloflash

• aquila_umap

• mimseq

• bbmap

• cytocad

• hiline

• minute

• star-fusion

• frc

• xyalign

• deepmod

• pavfinder

• rkp

• magphi

• coverm

• lorikeet-genome

• emirge

• fusioncatcher

• strainflye

• phenix

• squeegee

• vulcan

• scexecute

• clinker

• reparation_blast

• shovill

• hocort

• irma

• markermag

• pathoscope

• novobreak

• bismark

• metaphlan

• sat-bsa

• jbrowse2

• pbipa

• pirs

• matam

• bwakit

• stacks

• snvphyl-tools

• ismapper

• genomics-data-index

• srnaminer

• bamm

• iqkm

• concoct

• read2tree

• bsmap

• telr

• shigatyper

• visor

• drop

• r-sew

• capc-map

• hla-la

• gridss

• jaffa

• music

• pypints

• plasmidid

• brockman-pipeline

• shortstack

• microhapulator

• args_oap

• gargammel

• btllib

• shigeifinder

• smoove

• damidseq_pipeline

• titanomics

• rpbp

• kneaddata

• pseudo-it

• shorttracks

• eukcc

• ale

• ipyrad

• transindel

• lsc

• contammix

• bleties

• macaron

• hint

• semibin

• demuxlet

• datma

• piranha-polio

• parascopy

• sequencetools

• srst2

• drax

• saspector

• capcruncher

• primedrpa

• rd-analyzer

• crispresso

• knock-knock

• comparative-annotation-toolkit

• riboseed

• metaplatanus

• hmftools-sv-prep

• methylextract

• tbpore

• oncocnv

• r-quilt

• zga

• ciriquant

• nanosim

• smartmap

• chorus2

• espresso

• mitoz

• pairtools

• ssuissero

• vcf2maf

• breakseq2

• repenrich

• clair3

• wgs-assembler

• svim

• bamclipper

• rosella

• nullarbor

• hiddendomains

• midas

• dunovo

• tapestry

• transcriptm

• uvp

• seqsero2

• ngscheckmate

• peakhood

• sanitizeme

• rop

• circlator

• quasitools

• artic

• confindr

• covid-spike-classification

• gmap-fusion

• harpy

• harvest-variants

• optimir

• piret

• lrtk

• popscle

• flair

• ctseq

• itero

• seqverify

• seqscreen

• hapog

• ccsmeth

• shovill-se

• mqc

• sequenza-utils

• metaseq-all

• conduit-assembler

• phantompeakqualtools

• misopy

• erds

• strucvis

• prophyle

• aquila_stlfr

• velocyto.py

• ngsutils

• batvi

• hla-asm

• motus

• vsnp

• hicstuff

• rnaquast

• medaka

• shiver

• cmseq

• valet

• elector

• danpos

• iva

• imsindel

• ssdrippipeline

• gs-tama

• hydra-multi

• optitype

• irescue

• ericscript

• grid

• lumpy-sv

• minorseq

• merqury

• mirge3

• hatchet

• stringmlst

• haploconduct

• fusion-inspector

• tepid

• control-freec

• ggd

• hybpiper

• hap.py

• metawrap-mg

• xtea

• panphlan

• pecat

• galru

• mitgard

• wgfast

• nasp

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install samtools

and update with:

conda update samtools

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/samtools:<tag>

(see samtools/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/samtools/README.html)