recipe vsearch

a versatile open source tool for metagenomics (USEARCH alternative)

Homepage:

https://github.com/torognes/vsearch

License:

GPL / GPL-3.0-or-later OR BSD-2-Clause

Recipe:

/vsearch/meta.yaml

Links:

biotools: vsearch, doi: 10.7717/peerj.2584

package vsearch

Versions:

2.22.1-2,  2.22.1-1,  2.22.1-0,  2.21.2-0,  2.21.1-1,  2.21.1-0,  2.21.0-0,  2.20.1-0,  2.20.0-0, 

2.22.1-2,  2.22.1-1,  2.22.1-0,  2.21.2-0,  2.21.1-1,  2.21.1-0,  2.21.0-0,  2.20.1-0,  2.20.0-0,  2.19.0-0,  2.18.0-0,  2.17.1-0,  2.17.0-1,  2.17.0-0,  2.16.0-0,  2.15.2-1,  2.15.2-0,  2.15.1-0,  2.15.0-0,  2.14.2-0,  2.14.1-0,  2.14.0-0,  2.13.7-0,  2.13.6-0,  2.13.4-4,  2.13.4-0,  2.13.3-0,  2.13.1-0,  2.13.0-0,  2.11.1-0,  2.10.4-1,  2.10.4-0,  2.10.3-0,  2.10.2-0,  2.10.1-0,  2.10.0-0,  2.9.1-0,  2.9.0-0,  2.8.5-0,  2.8.3-0,  2.8.2-0,  2.8.1-0,  2.8.0-1,  2.8.0-0,  2.7.0-1,  2.7.0-0,  2.6.0-1,  2.6.0-0,  2.5.0-0,  2.4.4-0,  2.4.3-0,  2.4.0-0,  2.3.4-0,  2.3.2-0,  2.0.3-1,  2.0.3-0,  2.0.2-0,  2.0.0-0,  1.11.1-0,  1.10.2-0,  1.9.7-0,  1.9.5-0,  1.1.3-0

Depends:

• bzip2 >=1.0.8,<2.0a0

• libgcc-ng >=12

• libstdcxx-ng >=12

• libzlib >=1.2.13,<1.3.0a0

• zlib

Required By:

• treesapp

• constax

• apscale

• matam

• crabs

• presto

• coidb

• deblur

• parallel-meta-suite

• pyrad

• amptk

• metaclassifier

• pipits

• emirge

• r-dimsum

• lotus2

• captus

• thapbi-pict

• phyloflash

• ipyrad

• pispino

• mothur

• singlem

• dadaist2-full

• metaxa

• itsxpress

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install vsearch

and update with:

conda update vsearch

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/vsearch:<tag>

(see vsearch/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/vsearch/README.html)