recipe diamond

Accelerated BLAST compatible local sequence aligner

Homepage:

https://github.com/bbuchfink/diamond

License:

AGPL / AGPL-3.0

Recipe:

/diamond/meta.yaml

Links:

biotools: Diamond, doi: 10.1038/nmeth.3176

package diamond

Versions:

2.0.15-1,  2.0.15-0,  2.0.14-1,  2.0.14-0,  2.0.13-0,  2.0.12-0,  2.0.11-0,  2.0.10-0,  2.0.9-0, 

2.0.15-1,  2.0.15-0,  2.0.14-1,  2.0.14-0,  2.0.13-0,  2.0.12-0,  2.0.11-0,  2.0.10-0,  2.0.9-0,  2.0.8-1,  2.0.8-0,  2.0.7-0,  2.0.6-0,  2.0.5-0,  2.0.4-0,  2.0.2-0,  2.0.1-0,  2.0.0-0,  0.9.36-0,  0.9.35-0,  0.9.34-0,  0.9.32-0,  0.9.30-0,  0.9.29-0,  0.9.28-0,  0.9.26-0,  0.9.25-0,  0.9.24-1,  0.9.24-0,  0.9.22-0,  0.9.21-1,  0.9.19-5,  0.9.19-4,  0.9.19-3,  0.9.19-2,  0.9.19-1,  0.9.14-5,  0.9.14-4,  0.9.14-3,  0.9.14-2,  0.9.14-1,  0.9.14-0,  0.9.10-5,  0.9.10-4,  0.9.10-3,  0.9.10-2,  0.9.10-1,  0.9.10-0,  0.8.36-6,  0.8.36-5,  0.8.36-4,  0.8.36-3,  0.8.36-2,  0.8.36-1,  0.8.36-0,  0.8.31-5,  0.8.31-4,  0.8.31-3,  0.8.31-2,  0.8.31-1,  0.8.31-0,  0.8.30-5,  0.8.30-4,  0.8.30-3,  0.8.30-2,  0.8.30-1,  0.8.30-0,  0.8.29-6,  0.8.29-5,  0.8.29-4,  0.8.29-3,  0.8.29-2,  0.8.29-1,  0.8.29-0,  0.8.28-5,  0.8.28-4,  0.8.28-3,  0.8.28-2,  0.8.28-1,  0.8.28-0,  0.8.27-6,  0.8.27-5,  0.8.27-4,  0.8.27-3,  0.8.27-2,  0.8.27-1,  0.8.27-0,  0.8.26-5,  0.8.26-4,  0.8.26-3,  0.8.26-2,  0.8.26-1,  0.8.26-0,  0.8.24-4,  0.8.24-3,  0.8.24-2,  0.8.24-1,  0.8.24-0,  0.8.22-7,  0.8.22-6,  0.8.22-5,  0.8.22-4,  0.8.22-3,  0.8.22-2,  0.8.22-1,  0.8.9-1,  0.7.12-0,  0.7.10-1,  0.7.10-0

Depends:

• boost-cpp >=1.74.0,<1.74.1.0a0

• libgcc-ng >=12

• libstdcxx-ng >=12

• libzlib >=1.2.12,<1.3.0a0

• zlib >=1.2.12,<1.3.0a0

Required By:

• ezaai

• opfi

• augustus

• plannotate

• proteinortho

• bakta

• comparem

• antismash

• phylophlan

• pirate

• super-focus

• braker2

• pylprotpredictor

• cat

• orthofinder

• phastaf

• metawatt

• sonicparanoid

• cblaster

• pygmes

• etoki

• deeparg

• eggnog-mapper

• phylofisher

• refinem

• eukulele

• rgi

• autometa

• checkv

• das_tool

• anvio

• mdmcleaner

• genview

• proovframe

• srax

• upimapi

• checkm2

• contigtax

• funannotate

• ampcombi

• seqscreen

• dbcan

• iphop

• panx

• rfplasmid

• platon

• gunc

• hybran

• antismash-lite

• ggcaller

• mosca

• graftm

• singlem

• humann

• get_homologues

• enrichm

• mantis_pfa

• args_oap

• fegenie

• run-dbcan

Installation

With an activated Bioconda channel (see set-up-channels), install with:

conda install diamond

and update with:

conda update diamond

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/diamond:<tag>

(see diamond/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/diamond/README.html)