recipe diamond

Accelerated BLAST compatible local sequence aligner

Homepage

https://github.com/bbuchfink/diamond

License

AGPL / AGPL-3.0

Recipe

/diamond/meta.yaml

Links

biotools: Diamond, doi: 10.1038/nmeth.3176

package diamond

Versions

2.0.1-0,  2.0.0-0,  0.9.36-0,  0.9.35-0,  0.9.34-0,  0.9.32-0,  0.9.30-0,  0.9.29-0,  0.9.28-0, 

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Depends

• boost-cpp >=1.70.0,<1.70.1.0a0

• libgcc-ng >=7.5.0

• libstdcxx-ng >=7.5.0

• zlib >=1.2.11,<1.3.0a0

Required By

• eggnog-mapper

• augustus

• das_tool

• comparem

• pygmes

• super-focus

• antismash

• anvio

• srax

• phastaf

• braker2

• pirate

• platon

• panx

• contigtax

• refinem

• rgi

• singlem

• metawatt

• humann2

• pylprotpredictor

• proteinortho

• funannotate

• phylophlan

• seqscreen

• enrichm

• cat

• checkv

• orthofinder

Installation

With an activated Bioconda channel (see 2. Set up channels), install with:

conda install diamond

and update with:

conda update diamond

or use the docker container:

docker pull quay.io/biocontainers/diamond:<tag>

(see diamond/tags for valid values for <tag>)

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/diamond/README.html)